Тем не менее, бизнес-сообщество Кобе было заинтересовано в аэропорте меньших размеров, и в 1982 году власти Кобе подали заявку на финансирование в Министерство Транспорта. Проект предусматривал только одну ВПП с терминалом, расположенные на искусственном острове, рядом с Port Island. Выбор был сделан в пользу конкурирующего предложения аэропорта Кансай, которое лоббировали префектуры Осака и Вакаяма. В 1985 году власти Кобе решили самостоятельно финансировать постройку аэропорта, которая, однако, была заморожена до 1995 года из-за нехватки средств. После разрушительного землетрясения в Кобе проект получил государственную поддержку в рамках мер по восстановлению экономики префектуры, и в 1999 году началось строительство.

16 февраля 2006 года состоялось открытие аэропорта, JAL и ANA осуществили свои первые рейсы. Всего за отчетный 2006 год (1.04.2006-31.03.2007) пассажиропоток превысил 2,7 млн человек. Пик загруженности пришелся на 2007 год, в дальнейшем число пассажиров неуклонно снижалось. В связи с реструктуризацией JAL прекратил использование аэропорта, а количество рейсов ANA было значительно сокращено. Сейчас основным эксплуатантом является Skymark Airlines, на которую приходится более 2/3 всех рейсов.

Транспорт

В 2006 году была построена станция «Аэропорт Кобе» линии Порт-Лайнера, таким образом стало доступно прямое сообщение между аэропортом и центральной станцией Кобе Санномия (линии JR, Hankyu и Hanshin).　Проезд стоит 320 йен и занимает 18 минут.

Также аэропорт Кобе связан прямым скоростным паромным сообщением с аэропортом Кансай (Kobe-Kanku Bay Shuttle). Время в пути — около получаса.