В 305—311 годы здесь родилась великомученица Варвара Илиопольская.

В VII веке Баальбек завоевали арабы.

С IX века в регион стали проникать тюрки. Баальбек становился частью таких тюркских государств как государство Тулунидов (9 век), Ишхидов (10 век), Сельджуков (11 век), Мамлюков Египта (13 век), Тимуриды (15 век), Османской империи (с 16 века)

В 1759 году сильное землетрясение практически до основания разрушило и без того почти опустевший город.

Уже в XVI веке в Европе стало известно о наличии здесь грандиозных руин, которые стали обязательным пунктом посещения европейскими путешественниками в XIX веке. Флобер, Твен и Бунин оставили описания своих впечатлений от Баальбека. Полномасштабные раскопки были начаты немецкими учёными в 1898 году и продолжались пять лет. После Первой мировой войны расчисткой участка занимались французы.

Достопримечательности

В Баальбеке сохранился в руинах грандиозный храмовый ансамбль, состоявший из пропилеев, богато украшенных резьбой дворов (в одном из них открыты остатки большого здания алтаря), Большого храма (т. н. храма Юпитера), хорошо сохранившихся Малого храма (т. н. храм Вакха или Меркурия) и круглого храма (т. н. храм Венеры) с четырёхколонным портиком.

В XIII веке территория ансамбля была превращена в крепость (сохранились остатки стен, башен). К востоку от пропилеев — руины Большой мечети и минарета.

Храм Юпитера представляет собой большое сооружение: некоторые блоки основания весят 800—1000 тонн. В известной степени, это сооружение превосходит пирамиду Хеопса, самый крупный гранитный блок которой (камень над входом в камеру царя) весит 90 тонн^{[уточнить]}. Самый же большой блок в Баальбеке, называемый «Южный камень» (от древнего арабского названия «Гайяр эль-Кибли»), который так и не был вынут из каменоломни, но по всем признакам намеренно был подготовлен для завершения платформы, достигает веса 1050 тонн (в 2014 году, после раскопок рядом с «Южным камнем», был обнаружен блок весом около 1650—1670 тонн).

Главную загадку Баальбека представляет терраса, на которой стоит храм Юпитера. В её кладке находятся три плиты — Трилитон Баальбека, — весом порядка 800 тонн (согласно одной древней легенде, эти блоки лежали здесь вечно и считались священными). Эти блоки расположены на высоте 7 метров.