Как и для всех римских городов в целом, для Илиберри в 4-5 веках начались времена упадка, вызванного общим кризисом римского общества. В 411 году город стал частью владений вандалов (варварское древнегерманское племя), которые захватили юг Испании и создали здесь своё королевство, впрочем, продержавшееся всего до 429 года. В середине того же столетия на смену им пришли другие варвары – вестготы, чьи южные земли (Илиберри в том числе) в свою очередь были захвачены византийскими войсками в 50ые годы 6 века, и только в начале 7 века отбиты вестготами. С этого момента история города неоднозначна: некоторые историки заявляют о том, что в ходе этих постоянных войн, сопровождавшихся грабежами, Илиберри пришёл в полный упадок и был заброшен. Другая часть историков указывают на сообщения о существовании епископской кафедры в городе ещё в 693 году, и потому говорят, что в период правления город сильно деградировал, но продолжал существовать. Они заявляют о том, что Илиберри был покинут жителями в ходе завоевания Пиренейского полуострова арабами в 711-718 гг. Третья группа не соглашается и с этим, утверждая, что город выжил и был известен ещё в ранний мусульманский период под именем Ильбира (Eliberi, Eliberri, Elibirri, Ilibira, Elvira).

В остальных деталях большинство историков согласны: с установлением на территории Испании Кордовского эмирата (755-1034) столицей коры (провинции) Эльвира стала Мадинат Ильбира, находящаяся в 10 км. от прежнего Ильбира, ввиду чего практически все жители переселились из старого города в новый. На месте старого города осталась только небольшая крепость, которую использовали в конце 9 – начале 10 вв. в борьбе с местными мятежниками, да несколько загородных вилл или небольшая деревня. Когда в начале 11 века Кордовский халифат стал слабеть и распадаться, один наёмник из знатных алжирских берберов (кочевой североафриканский народ), Зави бен Зири, в 1013 году захватил власть в коре и создал небольшое независимое государство – тайфа. Исходя из требований безопасности, он перенёс свою столицу из Мадинат Ильбира дальше в горы Сьерра-Невада, на место прежнего Ильбира. Новый город получил название Мадинат Гарната (Madinat Garnata), что в переводе с арабского означает «холм паломников». Основанная им династия Зиридов правила в городе до 1090 года, и за это время был отстроен его исторический центр, район Альказаба Кадима. Когда в последней четверти 11 века усилился натиск Реконкисты (борьба христиан за освобождение пиренейских земель от власти мусульман), то правители Андалусии вынуждены были призвать на помощь силы Альморавидов (североафриканская династия, ревностно следующая заветам ислама). Те помогли отбросить христиан, а вслед за этим сами захватили власть в Андалусии, и в 1090 году Мадинат Гарната подчинилась им. После падения в 1145 году Альморавидов им на смену пришла другая североафриканская династия – династия Альмохадов, столь же фанатично преданная исламу.

Гранадский эмират и период упадка

Военные неудачи Альмохадов привели к тому, что с 1224 года Андалусия фактически вышла из их подчинения им, в ней начались междоусобные войны, осложнённые наступлением христиан. Наиболее успешным среди эмиров оказался Мухаммад ибн Наср I (1238-1273), который сумел создать державу Насридов, более известную как Гранадский эмират (1238-1492). Со второй половины 13 и до конца 15 вв. это было единственное мусульманское государство, которое сумело выстоять под натиском христиан. Одной из главной причин этого было горное положение державы, выгодное для обороны. Исходя из того же принципа Мухаммад ибн Наср в 1238 году сделал своей столицей именно горный Мадинат Гарната. Период правления Насридов стал для города временем расцвета и широкого строительства, приобретенные в то время очертания и разделение на кварталы во многом сохранились до сих пор. Среди построенных в то время архитектурных комплексов можно назвать и знаменитый великолепный дворец-крепость Альгамбра, и загородную виллу Хенералифе, которые внесены в список мирового наследия ЮНЕСКО, а Альгамбра считается одним из 12 Сокровищ Испании. В 13-15 вв. Мадинат Гарната стал мощнейшим центром мусульманской культуры во всём Западном Средиземноморье. Не малую роль в этом сыграл приток беженцев из разгромленных тайфа и эмиратов Андалусии. Кроме того город стал одним из самых мощных и процветающих центров ремесла и торговли во всей Европе. В Мадинат Гарната проживало около 165 тыс. жителей – по средневековым меркам это был огромный город, в котором проживали разные этнические и конфессиональные группы: арабская знать, берберы-наёмники, еврейские торговцы, муваллады (бывшие христиане, принявшие ислам) и христиан (прежде всего рабы). Это стало причиной постоянных конфликтов, волнений и заговоров, царивших в городе.

После тяжёлой гражданской войной в Кастилии (1474-1479), королева Испании Изабелла I (1474-1504) решила сплотить страну успешной завоевательной войной. Таковой стала война 1482-1492 гг., в ходе которой Гранадский эмират был захвачен, а сам Мадинат Гарната сдался 2 января 1492 года на почётных условиях, среди которых были: неприкосновенность имущества и свобода вероисповедания для горожан, право ношения оружия и сохранение шариатских судов для мусульман. Однако уже в 1499 году, когда комиссия обнаружила что христианская пропаганда не помогла и что большинство жителей города открыто ходят в мечеть, начались притеснения мавров (испанское название мусульман), ответом на которые стали волнения в предместьях города. В ответ на это был издан указ 1501 года, обязывающих мусульман креститься; мавров стали загонять в гетто. Кардинал Сиснерос (1436-1517) развил в городе особенно бурную деятельность трибунала инквизиции, которая преследовала крещённых мусульман (морисков), втайне исповедующих ислам. Во многом это усердие подстёгивалось желанием поживиться за счёт конфискации имущества осуждённого. Мечети сносились и превращались в церкви. Требования постоянно ужесточались: в 1526 году морискам было запрещено носить национальные одежды, а 1567 году говорить на арабском, носить арабские имена и даже принимать ванны (чистоплотность морисков вызывала особенную подозрительность христиан, видевшие в этом только ритуальные приготовления к намазу). Многие мориски и мавры бежали, а после неудачного восстания мусульман из области Альпухаррас (1568-1571), их стали насильно расселять по внутренним малоосвоенным районам страны. В конце концов, в 1609 году все мориски были насильно выселены из страны.

Гонения на мусульман отрицательно сказались на жизни города: уже в первой трети 16 столетия население сократилось до 70 тыс. жителей. Бегство и высылка морисков, имевших многовековые трудовые традиции, в конце концов, подорвали многие отрасли хозяйства, в первую изготовление шёлка. Однако завоевание имело для города и благоприятные последствия: он вошёл в состав Испании как столица суверенного королевства Гранада и получил право представительства в кортесах (испанский аналог парламента), этим правом кроме него обладали всего 17 городов. По всей видимости, королева Изабелла и её муж король Фердинанд искренне полюбили захваченную ими Гранаду, так как приказали здесь разметить свою усыпальницу. В 16 веке в городе было построено множество христианских церквей, монастырей и соборов, прежде всего на местах прежних мечетей. Изгнание морисков и царивший по всей стране в 17 веке экономический упадок вызвал и общий упадок города. Сыграли свою роль и стихийные бедствия (ураганы, землетрясения, наводнения), вызванные периодическими засухами голод и эпидемии чумы и тифа, а также зверства солдат при подавлении народных волнений (к примеру, 1648 года). К началу 18 века, в 1718 году в городе проживало уже всего 39 тыс. жителей. Резкое снижение населения отразилось на облике Гранады старением и разрухой, прежде всего в окраинных районах и в предместье. Медленное восстановление началось в 18 веке. Показателем этого процесса может служить рост населения: в 1750 году в городе проживало чуть более 50 тыс. человек (хотя в дальнейшем рост остановился и численность жителей зафиксировалась на данной отметке на долгие годы). Активизировались и строительные работы, начался снос обветшалых зданий.

Подъём

Конец 18 – начало 19 веков ознаменовался значительным ростом экономики города, основанном на успехах текстильной отрасли: производство шёлка, сукна. Рост, однако, был подорван началом наполеоновских войн. В 1810 году Гранада была оккупирована французскими войсками под командованием графа Горация Себастьяни (1772-1851). Французы занялись в городе строительными работами, среди которых сохранившийся до сих пор театр Сервантес (в то время Наполеона), но когда в 1812 году они оставляли Гранаду, то наоборот разрушили все многие памятники, которые имели хоть какое-то оборонительное значение (среди них пострадала и Альгамбра). Последствия войны с Наполеоном (1808-1814) и политическая неопределённость, вызванная постоянными революция и гражданскими войнами, привели к тому, что всю первую половину 19 века город переживал период застоя. Во второй половине столетия начался значительный экономический рост, вызванный разными факторами: расцветом сахарной промышленности, строительством железной дороги (1868) и распродажей имущества пришедших в упадок монастырей. Для Гранады это стало временем строек, которое, однако, сопровождалось сносом многих культурных памятников, прежде всего мусульманского периодом, и в значительной степени потерей городом своего привычного архитектурного облика. Стоит сказать так же о землетрясении 25 декабря 1884 года, самом страшном за историю Гранады, принёсшем большие разрушения в городе.

В начало 20 века Гранада вступила как крупный быстро развивающийся промышленный город. Если в 1900 году в городе жило 75 тыс. человек, то в 1940 году уже 155 тыс. (хотя этот рост и был всего лишь восстановлением позиций, которыми город обладал в период Гранадского эмирата). Экономический кризис 1929-1931 гг. спровоцировал в Испании революцию 1931 года, провозгласившую Вторую республику (1931-1939). В городе, по которому больно ударило разорение сахарных заводов, начались беспорядки рабочих, усилились левые партии, сторонницы республики и радикальных реформ. Всё это вызвало ответную реакцию: напуганные рабочими волнениями правые силы в городе консолидировались, и когда в 1936 году часть войск во главе с генералом Франко подняла мятеж против республики, франкистам не составило большого труда захватить Гранаду уже в августе, через месяц после начала мятежа. Основную часть Гражданской войны (1936-1939) бои шли в стороне от Гранады, поэтому город мало пострадал. Однако в нём проводились чистки среди сторонников левых партий и движений. Всего с 1936 по 1956 гг. было расстреляно почти 4 тыс. жителей, среди которых оказался и великий испанский поэт Гарсия Лорка (1898-1936).