После этого последовал период партизанской войны с 1975 по 1999 год между индонезийскими силами и борцами за независимость, в ходе которой погибли десятки тысяч жителей Восточного Тимора и некоторые иностранные гражданские лица. В 1999 году под давлением ООН в Восточном Тиморе был проведен референдум по вопросу самоопределения. В результате 78,5 % населения высказались за независимость и 20 мая 2002 г. Дили стал столицей нового независимого государства Демократическая Республика Тимор-Лешти.

Памятники и сооружения

Многие здания были уничтожены в результате беспорядков в 1999 году, организованных индонезийскими военными и местными боевиками. Однако в городе сохранилось множество домов, построенных в португальскую эпоху. Резиденция бывшего португальского губернатора в настоящее время является резиденцией премьер-министра страны. Ранее она также использовалась индонезийским губернатором и Временной администрацией ООН в Восточном Тиморе.

Католическая церковь стала центром сопротивления индонезийской оккупации. В память об этом был построен собор Непорочного Зачатия, где находится резиденция римско-католической епархии Дили, самый большой собор в Юго-Восточной Азии. Также известен монумент Объединения, посвящённый индонезийской аннексии Восточного Тимора в 1976 году. Человек на статуе изображен в традиционной тиморской одежде, с разорванными цепями на запястье, данный памятник не был разрушен.

Транспорт

Дили обслуживается единственным международным аэропортом в Восточном Тиморе — Международным аэропортом Президента Николау Лобату. Также существует несколько взлетно-посадочных полос в Баукау, Суаи и Окуси, они используются для внутренних рейсов. До недавнего времени в аэропорту Дили взлетно-посадочная полоса была не в состоянии принять самолет, больший чем Boeing 737 или C-130 Hercules, но в январе 2008 года португальская авиакомпания EuroAtlantic Airways для прямого рейса из Лиссабона использовала Боинг 757, доставив 140 членов Республиканской Национальной гвардии Португалии. Во времена правления Португалии аэропорт в Баукау, который имеет более длинную взлетно-посадочную полосу, использовался для международных рейсов, однако после вторжения Индонезии его заняли индонезийские военные, и он был закрыт для гражданского транспорта.