Малинди известно как прибрежное поселение суахили с XIII века. Некоторое время этот город даже соперничал с Момбасой за доминирование в этой части Восточной Африки. Традиционно он был портовым городом с иностранными представителями.

В 1414 году Малинди посетил знаменитый китайский путешественник Чжэн Хэ. По этому случаю местный вождь направил ему личную охрану, а в подарок в Китай снарядил на корабль жирафа.

Португальский первооткрыватель Васко да Гама посетил Малинди в 1498 году с целью заключить с местными правителями соглашение на поставку проводников для его путешествия в Индию. Тогда же был возведён и доныне существующий коралловый столб по этому случаю. Уже в следующем, 1499 году, португальцы обосновались в Малинди и основали здесь торговую миссию, а город с тех пор часто служил гаванью для европейских судов, шедших в этой части Индийского океана. В 1541 году в городе несколько месяцев проживал известный иезуитский миссионер Франциск Ксаверий.

Примерно в 1630 году город попал под власть Португалии, и в дальнейшем его судьба во многом схожа с судьбой Момбасы. Во время Второй мировой войны Малинди подвергся бомбардировке итальянскими войсками (24 октября 1940 года).

Сегодня Малинди — значительный туристический центр; особенно он полюбился туристам из Италии. До наших дней в неповреждённом состоянии сохранилось немало из традиционной суахильской застройки (Старый город), включая главную мечеть и дворец на пляже. Южнее Малинди сохранились средневековые руины Геде.

Экономика и транспорт

Подавляющее большинство населения Малинди и прилегающих территорий занимается сельским хозяйством и рыболовством, однако базовой отраслью экономики города является туризм, в первую очередь международный. Крупнейший курорт рядом с Малинди — Ватаму с Национальным морским парком.

Транспортная сфера представлена автобусным и автомобильным сообщением с Момбасой и Ламу, опосредованно — со столицей Найроби. Однако главное значение имеет аэропорт Малинди (внутренние авиарейсы).

В открытом море недалеко от Малинди расположен Broglio Space Port (космодром морского базирования Сан-Марко), который использовало итальянское космическое ведомство в сотрудничестве с NASA. Космические запуски производились с 1964 по 1988 год, после чего платформа-космодром была законсервирована.