В конце VIII века владетелями Шеки стали выходцы из Армении, потомки которых в IX веке пытались распространить свое влияние на Арран. На рубеже IX века, область Шеки вместе с более западной областью Камбисена входила в состав армянского княжества Смбатянов, вассалов Армянского царства. Как отмечают «Энциклопедия ислама», «Кембрджская история Ирана», энциклопедия «Ираника», и др. авторитетные источники первым армянским князем Шеки был Сахл Смбатян. В IX веке род Смбатянов, владетели Шеки, пытались распространить своё влияние на Арран. Но после смерти Григор-Амама, одного из потомков княжеского рода Михранидов, княжество было разделено между его сыновьями. Область Шаки-Камбечан досталась его сыну Атрнерсеху, правившему областью до середины X века. Атрнерсех, упоминается как Атрнерсех ибн Хамам, царь шакинцев, арабским географом Масуди. Ибн Хаукаль в середине X века упоминает князя Шеки Ишханика, имя которого Вл. Минорский характеризует как типично армянское. Арабские историко-географы IX—X веков определяют национальность населения области как «шекинцев», а иногда и как «уд», обозначающую утийцев.

Между 950 и 1050 годами на область Шеки распространялась власть правителей Кахетии. С 1038 по 1105 годы в Кахети-Эрети (в состав которой входила Шеки) правила армянская династия Кюрикидов. В 1117 году город захватил грузинский царь Давид IV Строитель. Прежде всего, грузинские войска вступили в Ширван. Здесь позиции сельджуков были не так сильны, как в других местах. Коренное население Ширвана, будучи враждебно к захватчикам, активно помогало грузинам. Давид IV взял город Кабала. Ширванский владетель стал вассалом грузинского царя, и эта ситуация сохранялась на протяжении XII—XIII веков.

XIV—XVIII века

Как государственное образование упоминается с конца XIV века. Владетелем Шеки был Сиди Ахмед Орлат из тюркизированного монгольского племени орлатов. В 1402 году шекинские войска приняли участие в походе Тимура против турецкого султана Баязида В 1444 году власть в Шеки перешла к мусульманской династии армянского происхождения Кара-Кешиш-оглы, в период правления которой (1444—1551) область Шеки была цветущей сельскохозяйственной страной, производившей прекрасный шёлк — основной предмет вывоза. С возвышением государства Сефевидов Шеки, оставаясь в значительной степени самостоятельными, временами признавали его власть. В 1551 году шекинские войска были разбиты иранским шахом Тахмаспом, и Шеки утратили независимость.

В 1743—1819 годах Шеки — столица Шекинского ханства. В 1743 году Гаджи Челеби, претендовавший на происхождения от исконных армяно-мусульманских правителей края, с помощью своих приближённых убил подручного Надир-шаха, правителя Шеки Мелик Наджафа, и объявил себя шекинским ханом.

Правитель Ирана Надир-шах, чтобы привести в повиновение шекинцев, в 1744 году с большой армией напал на Шеки и четыре месяца держал в осаде крепость Гелярсан-Гёрарсан, где укрылся Гаджи Челеби. По приказу Надир-шаха город был разрушен. Однако взять крепость так и не удалось и Надир-шах был вынужден снять осаду крепости и оставить Шеки. После смерти Гаджи Челеби шекинским ханом стал его сын Агакиши-бек (1755−1760), затем внук Гусейн-хан (1760—1779). Династия Челеби управляла независимым Шекинским ханством до присоединения ханства к Российской империи.

Исследователи считали, что Нуха — это древний город Шеки. Но на основании анализа исторических источников и натурного обследования выяснилось, что Шеки и Нуха разные населённые пункты. Город Шеки был расположен гораздо ниже в Кишском ущелье. В 1772 году сильным наводнением реки Киш город Шеки был снесён до основания. С тех пор жители его переселились в Нуху, которая находилась на сто метров выше беспокойной реки. Впоследствии Нуха сильно развилась и расширилась. Город имел большую армянскую общину и был центром местного производства шелковой нити.

Согласно азербайджанскому историку Аббаскули-ага Бакиханову, Нуха являлась ширванским городом Нахия или Нагия. Керим Ага Фатех писал, что Нуха существовала в XV веке под именем Ноху. Во время реставрационных работ в Имарете Муштага на глубине фундамента была найдена, наряду с другими предметами культуры, монета чеканки XII века. Азербайджанский историк XIX века Гаджи Сеид Абдул-Гамид подтверждая, что Шеки и Нуха были разными городами, писал: «Нухинские и шекинские жители, заключив союз, избрали Алиджана правителем и сделали его ханом, чтобы он управлял Шекинским вилайетом и защищал его от злодеяний персидских грабителей и он управлял прекрасно. (Он) умер в 861 (1456—1457 г.)».

XIX—XX века

В 1840 году был образован Шекинский уезд с центром в городе Нуха. Название города объясняют из аварского нух — «дорога» и связывают с тем, что он находился на важной дороге, проходящей по южному подножью Главного Кавказского хребта. Город посещали писатели Л. Н. Толстой, А. Дюма, генерал Н. Н. Раевский.

Согласно Сборника материалов для описания местностей и племен Кавказа. (Выпуск 11. 1891 г.), население города в 1886 году составляло 24 182 человек.

Согласно ЭСБЕ и результатам первой всеобщей переписи населения Российской империи 1897 года население города к 1897 году составляло около 25 тыс. человек (80,5 % азербайджанцев, 17 % армян, 0,86 % славян (русские, украинцы, белорусы) и др..

По данным «Кавказского календаря» на 1916 год, к 1915 году в городе проживало 54 678 человек, в основном азербайджанцев и армян.

6 марта 1968 года Постановлением Совета Министров Азербайджанской ССР № 97 возвышенная историческая часть города, «Юхары баш», была объявлена архитектурным заповедником.

В советские годы город стал административным центром Шекинского района Азербайджанской ССР. В городе были созданы производственное шёлковое объединение, швейная фабрика, табачно-ферментационный, кирпичный заводы, мясной комбинат, комбинат пищевой промышленности, текстильный, сельскохозяйственный техникумы, педагогическое, медицинское и музыкальное училища, народный театр (в 1975 году — драматический театр), краеведческий музей, Дом-музей азербайджанского писателя-просветителя Мирзы Фатали Ахундова, родившегося в Шеки, а также музей «Дворец шекинских ханов».

География

Вершины снежных пиков Большого Кавказа в некоторых местах достигают 3000-3600 метров. Климат Шеки определяют циклоны и антициклоны, различные воздушные массы и местные ветра. Среднегодовая температура в Шеки — 12 °С. В июне, августе среднесуточная температура — 20-25 градусов тепла. Высота — 500—850 метров над уровнем моря, горные леса вокруг местности предотвращают сильное нагревание города. Горные леса позволяют защитить город от потопов. В лесах растут бук, орех. Богат животный мир. Бурые земли распространены по всей территории. Основные реки города — реки Киш и Гурджана.