Строить новый храм предполагалось на пожертвования прихожан. Но средства поступали медленно, и нужная сумма никак не собиралась. Поэтому в 1908 году в Думу по поручению общины обратился Ф. И. Василькиоти, он просил о выдаче субсидии в сумме 5000 рублей. Губернатор Евпатории С. Э. Дуван дал согласие выплачивать субсидию частями, каждый год по 1000 рублей. Лично от себя С. Э. Дуван пожертвовал 400 рублей и бронзовую люстру. За помощь в строительстве храма он был награжден Его Величеством королем эллинов крестом Святого Спасителя.

Строительство церкви началось 6 июня 1911 года, а 30 июня 1918 года новый храм архиепископ Димитрий (князь Абашидзе) освятил во имя пророка Илии. Из-за недостатка средств устройство храма затянулось почти на десять лет и закончилось в канун новой эпохи, когда начались гонения на Церковь. Храм построен в греко-византийском стиле, в плане в виде креста. Купол покоится на восьмигранном барабане, каждая грань которого заканчивается фронтоном. Украшают храм тонкие пилястры, полуциркульные арки, тройные окна с витражами. С восточной стороны расположена пятигранная апсида, главный вход оформлен в виде арки, опирающейся на две полуколонны. Над ним поднялась трехъярусная колокольня.

После революции церковь оставалась действующей. Ее прихожане были греческими подданными, поэтому власть не сразу применила силовые приемы. Сначала решили, что колокольный звон — явление неприемлемое для социалистической действительности, поэтому сняли колокола на глазах у пораженных прихожан. Во исполнение декрета ВЦИК от 23 февраля 1922 года изъяли церковные ценности на «нужды голодающих». Община решила защищать свой храм, для этого отправила в Москву к греческому консулу письмо с просьбой о помощи. Отвез письмо председатель церковной двадцатки Савва Федорович Кириакиди. Это обращение привело власти Евпатории в ярость, они обвинили греческую общину в клевете. В 1936 году договор с греческим обществом расторгли из-за того, что прихожане не сумели отремонтировать здание. Впрочем, у государства денег тоже не нашлось, и в 1938 году храм закрыли.

Со дня открытия и до своего ареста священником в Свято-Ильинском храме был Елеазар Спиридонович Спиридонов, причисленный к лику святых. Сегодня священномученик Елеазар Спиридонов почитается как небесный покровитель Евпатории.

После закрытия здание храма передали комитету физкультуры и спорта. Во время Великой Отечественной войны прихожане привели церковь в порядок, и в 1942 году Богослужения возобновились. После войны храм отремонтировали. В начале 1960-х годов местные художники Ю. В. Волков и Ю. В. Белкин написали фрески «Рождество», «Крещение», «Распятие» и «Воскресение». Но уже в 1962 году Свято-Ильинскй храм снова закрыли. Евпаторийский исполком решил, что колокольня находится в аварийном состоянии, ее разобрали, а в здании греческой церкви организовали спортивный зал ДСО «Спартак».

В 1984 году здание Свято-Ильинского храма взяли на государственный учет как памятник архитектуры. Долгие годы бесхозяйственного использования довели храм до плачевного состояния, и вот, наконец, началась его реконструкция. 2 мая 1990 года архиепископ Симферопольский и Крымский Варлаам совершил освящение церкви святого пророка Илии. Сегодня колокольня и храм полностью восстановлены, возвращено здание воскресной школы.

В 1999 году в храме случилось чудо с храмовой иконой пророка Илии. Неизвестный художник изобразил пророка по пояс, в руке он держит свиток, лицо строго, брови грозно сдвинуты, седые волосы и бороду развевает ветер. Когда Ильинский храм закрыли, образ хранился в Свято- Никольском соборе. После того как храм отреставрировали, икону перенесли в свой родной храм.

В праздник Святой Троицы пономарь пришел в храм очень рано. Прикладываясь к образу пророка Илии, он увидел, как в лучах утреннего солнца на стекле, прикрывавшем икону, четко проступили контуры, повторяющие изображение пророка на иконе. Об увиденном пономарь сообщил настоятелю, и икону перенесли в алтарь. Во время праздничной службы контуры на стекле стали более четкими, а к концу праздника можно было увидеть лик пророка Илии.

По указанию Владыки Лазаря создали комиссию, которая должна была освидетельствовать икону. Когда члены комиссии сняли стекло, на нем увидели ясный отпечаток контуров фигуры и лица святого пророка Илии, лучше всего отпечаталась рука, держащая свиток. Пророк Илии как бы призывает всех нас быть более усердными в изучении Священного Писания, жить и поступать по его заветам.

Теперь в Ильинском храме ежедневно в 9 часов прихожане вместе с духовенством совершают чтение акафиста пророку: «Святый Пророче Божий Илие, моли Бога о нас».

В 2008 году храм отметил свой 90-летний юбилей. 2 августа, в день памяти святого пророка Божия Илии, митрополит Симферопольский и Крымский Лазарь совершил божественную литургию.

 Адрес: Евпатория, ул. Братьев Буслаевых, 5.