Азербайджанское руководство, в свою очередь, прилагало усилия к закрытию аэропорта, в частности, резко сократив количество авиарейсов, а также застраивая соседнее село Ходжалы (с апреля 1990 года получившее статус города) с азербайджанским населением (за несколько лет население Ходжалы выросло более чем втрое, причём новые дома строились в непосредственной близости от взлётно-посадочной полосы). После объявления в НКАО чрезвычайного положения аэропорт первоначально находился под контролем подразделения Внутренних войск СССР, которые осуществляли функции по охране аэропорта, досмотру груза и личных вещей пассажиров, в основном армян. Позднее, однако, было принято решение передать его под контроль азербайджанского ОМОНа. Сделано это было в результате настойчивых требований руководства Азербайджана, поддержанных руководителем Комендатуры района чрезвычайного положения НКАО генералом Сафоновым и согласованных с тогдашним министром внутренних дел СССР Вадимом Бакатиным.

Тогдашний президент Азербайджана Аяз Муталибов отдал распоряжение разрушить взлетно-посадочную полосу и аэродромное оборудование аэропорта, но оно не было выполнено.

26 февраля 1992 года силы самообороны НКР установили контроль над Ходжалы и аэропортом. После этого аэропорт стал использоваться для нужд военно-воздушных сил НКР и чартерного вертолётного сообщения с Ереваном.

Реконструкция

В конце 2000-х годов правительство НКР поставило задачу начать эксплуатацию Степанакертского аэропорта с использованием малой авиации и 28 октября 2008 года на очередном заседании одобрило законопроект «Об авиации». В НКР считают, что это имеет для республики не только жизненное, но и политическое значение и будет содействовать укреплению государственности и повышению уровня благосостояния населения.

Реакция в Азербайджане

В феврале 2010 года президент компании «Армавиа» Михаил Багдасаров заявил, что после реконструкции аэропорта, рейс Степанакерт-Ереван будет осуществлять компания «АрцахАвиа». Комментируя заявление Багдасарова, руководитель пресс-службы азербайджанского национального концерна «Азербайджан Хава Йоллары» Магеррам Сафарли заявил, что в случае открытия авиасообщения между Степанакертом и Ереваном, Азербайджан официально обратится по этому поводу в Международную организацию гражданской авиации.

По сообщению азербайджанских СМИ, 16 марта 2011 года директор администрации государственной гражданской авиации Азербайджана Ариф Мамедов заявил, что «Азербайджан может уничтожать самолеты, которые собираются совершать посадку в аэропорту, строящемся армянской стороной в оккупированном азербайджанском городе Ханкенди (Степанакерт) в Нагорном Карабахе. Согласно закону „Об авиации“, даже возможно физическое уничтожение направляющихся туда самолетов». Послы США в Азербайджане и Армении — Мэтью Брайза и Мари Йованович — назвали это заявление неприемлемым. Мэтью Брайза также заявил, что все вопросы безопасности полетов должны быть решены Азербайджаном и Арменией до открытия аэропорта. Авиационные власти НКР назвали угрозы Азербайджана нецивилизованными. Президент Армении Серж Саргсян в ответ на угрозы заявил, что он будет первым пассажиром рейса Ереван-Степанакерт. Ряд депутатов и общественных организаций Азербайджана призвали сбить самолёт, в котором будет лететь Саргсян. 2 апреля пресс-секретарь МИД Азербайджана Эльхан Полухов заявил: «Азербайджан никогда не применял и не применит силы против гражданских объектов».

Генеральный секретарь ОДКБ Николай Бордюжа, прибыв 28 января в Ереван по приглашению секретаря Совета национальной безопасности Армении Артура Багдасаряна, на встрече с журналистами 29 января отметил, что «Я читал об этом. Могу сказать, что это либо неверная формулировка, либо неудачная шутка. Потому что я воспринимаю Азербайджан, как цивилизованное государство, которое придерживается общечеловеческих норм. Я очень сомневаюсь, что в наши дни руководство какой-либо страны может дать команду на преднамеренное уничтожение гражданских самолетов. В нашей истории были такие случаи, мы все помним трагедию на Дальнем Востоке с корейским „Боингом“, и помним реакцию всего мирового сообщества. Я не думаю, что какое-либо государство сегодня позволит себе действительно уничтожить гражданский самолет. Поэтому я серьезно эту информацию не воспринимаю». Эльдар Сабироглу, начальник пресс-службы Министерства обороны Азербайджана заявил: «Азербайджан не шутит — в случае незаконных полетов в Ханкенди (Степанакерт) будут предприняты адекватные меры».