Дальнейшие работы по созданию инфраструктуры привели к появлению четырёх ангаров для долговременной стоянки и ремонта самолётов, бункеры для хранения топлива, воды, а также узла телефонной связи. В центре территории были установлены специальные навигационные знаки, указатель направления ветра. В этом периоде на территории авиабазы размещалась штаб-квартира 1-й эскадрильи 21-го крыла Северо-Западного военного флота Испании.

Во время Гражданской войны в Испании на территории аэродрома Леона находились штаб-квартиры нескольких подразделений воздушно-десантных сил. К концу военного конфликта аэродром имел литер «А» в списке всех военных авиабаз страны, к тому времени были возведены системы радиопеленгации объектов и ночного освещения территории аэродрома.

В 1940-х годах на территории аэродрома была открыта авиационная школа, в котором военные пилоты после прохождения курсов переподготовки получали лицензию пилотов общей авиации. Впоследствии школа была расформирована и заменена военно-воздушным училищем, в котором готовились военные лётчики.

В 1964 году аэропорт Леона официально был открыт для работы коммерческой авиации, взлётно-посадочная полоса при этом была оборудована системами для приёма и отправки воздушных судов в обоих направлениях. В 1990 году местные и региональные власти приняли решение о выделении финансовых средств для реконструкции аэропортового комплекса и строительства новых объектов инфраструктуры. В соответствии с данным решением органы самоуправления провинции обратились в Министерство обороны Испании с просьбой о разрешении строительства гражданских объектов на территории аэродрома, до сих пор находившегося в ведении военных. Официальное разрешение было получено властями в 1991 году.

В 1994 году на утверждение был представлен план первого этапа по реконструкции аэропорта Леон, предусматривающий строительство подъездной дороги и нескольких стоянок воздушных судов. Работы по первой фазе генерального плана завершились уже в следующем году, а ещё через два был рассмотрен план второго этапа реконструкции аэропорта. В январе 1999 года завершено строительство пассажирского терминала и нескольких гражданских объектов, и 2 июля того же года состоялась праздничная церемония официального открытия гражданского аэропорта Леон. Вскоре после этого флагманская авиакомпания страны Iberia открыла несколько регулярных маршрутов из Леона в Мадрид и Барселону.

В 2007 году введена в эксплуатацию вторая взлётно-посадочная полоса аэропорта длиной в 3000 метров. В современном периоде пропускная способность аэропорта Леон составляет около 500 тысяч пассажиров в год, порт имеет возможность обрабатывать как рейсы внутри страны, так и рейсы международных направлений.