После окончания Второй мировой войны ремонт и дальнейшее обслуживание аэродрома перешли в ведение Департамента гражданской авиации Северного Борнео (ныне — Сабах). В 1957 году взлётно-посадочная полоса аэродрома на утрамбованной траве была заменена на ВПП с твёрдым битумным покрытием, построено новое здание пассажирского терминала аэропорта. К 1959 году длина взлётно-посадочной полосы увеличена до 1593 метров для обеспечения приёма и отправки самолётов Vickers Viscount авиакомпании Malaysia Airways. Следующее удлинение ВПП до 1921 метров было выполнено в 1963 году в целях возможности обработки реактивных самолётов De Havilland Comet 4. Объём коммерческих операций в аэропорту увеличивался год от года, поэтому к началу эпохи реактивной авиации встал вопрос о существенном расширении инфраструктуры аэропорта и строительстве более вместительного здания пассажирского терминала.

В 1969 году для разработки этапов генерального плана по реконструкции и модернизации аэропорта в период с 1970 по 2000 годы была выбрана британская консалтинговая фирма, которая спустя некоторое время предоставила на рассмотрение правительства страны проект со следующими основными положениями и рекомендациями:

• расширение и удлинение до 3000 метров основной взлётно-посадочной полосы аэропорта для возможности обслуживания реактивных лайнеров Boeing 707 и Boeing 747;
• возведение нового терминального комплекса и строительство параллельной взлётно-посадочной полосе рулёжной дорожки;
• комплексное обеспечение аэропорта современным навигационным оборудованием, средствами связи и автоматической системой освещения взлётно-посадочной полосы.

В 1980-х годах завершилось возведение нового пассажирского терминала по другую сторону ВПП аэропорта. Обслуживание почти всех коммерческих рейсов было перенесено в здание современного терминала, прежнее здание при этом получило название «Airport Lama» («старый аэропорт»). В 1992 году контроль за Международным аэропортом Кота-Кинабалу перешёл под Департамент гражданской авиации штата Сабах и в государственную управляющую компанию Malaysia Airports Holdings Berhad. Следующий этап расширение и реконструкции аэропортовой инфраструктуры начался в 2006 году и затронул оба здания пассажирских терминалов. В следующем году «старый аэропорт» был переименован в «Терминал 2», а более современный терминал — в «Терминал 1».

Проект современной реконструкции

В середине 2005 года правительство Малайзии одобрило проект капитального ремонта и расширения инфраструктуры Международного аэропорта Кота-Кинабалу с общим бюджетом в 1,4 миллиардов малайзийских ринггитов. Проект предусматривал увеличение длины взлётно-посадочной полосы с 2988 до 3780 метров и увеличение операционной площади Терминала 1 с 34 000 до 87 000 м². После проведения строительных работ аэропорт мог обслуживать четыре самолёта Boeing 747, один Airbus A330, семь Boeing 737, три Fokker 50 и три самолёта Dornier одновременно с учётом использования девяти телескопических трапов для перемещения пассажиров между терминалом и самолётами. Проект также предусматривал демонтаж примыкающей к зданию основного терминала контрольной диспетчерской вышки и возведение нескольких отдельных друг от друга вышек управления воздушным движением аэропорта. Работы по реализации проекта были завершены в середине 2009 года.

В настоящее время аэропорт сертифицирован на обслуживание крупнейшего в мире пассажирского лайнера Airbus A380. Пропускная способность Международного аэропорта Кота-Кинабалу составляет 12 миллионов пассажиров в год (9 млн пассажиров — Терминал 1 и 3 млн пассажиров — Терминал 2).

Пассажирские терминалы

Терминал 1

Терминал 1 Международного аэропорта Кота-Кинабалу является основным зданием аэропортового комплекса, пропускная способность которого составляет до 9 млн пассажиров ежегодно. В зоне терминала находятся следующие объекты аэропортовой инфраструктуры:

• 64 стойки регистрации пассажиров на рейсы внутренних и международных направлений;
• 2 автоматические, оснащённых рентгеновскими установками, стойки приёма багажа и 5 полуавтоматических стоек обработки багажа (три — в зоне отправления, одна в зоне обслуживания VIP-пассажиров и одна — для лётного персонала);
• 36 стоек иммиграционного контроля (16 в зоне отправления и 20 — в зоне прибытия);
• 6 багажных каруселей в зоне выдачи багажа;
• 3 этажа с разделённой инфраструктурой (первый этаж: зал прибытия; второй этаж — служебные офисы авиакомпаний и других предприятий, работающих в аэропорту; третий этаж — зона регистрации билетов и зал отправления);
• 9 телескопических трапов;
• 17 стоянок воздушных судов, рассчитанных на узко- и широкофюзеляжные самолёты;
• автомобильная стоянка на 1400 машин и отдельная зона автомобильной парковки.

В торговой зоне Терминала 1 расположены магазины беспошлинной торговли, залы повышенной комфортности, рестораны, кафе, бары, туристические агентства и другие объекты.

Основную операционную нагрузку на Терминал 1 Международного аэропорта Кота-Кинабалу обеспечивает национальная авиакомпания страны Malaysia Airlines.

Терминал 2

Терминал 2 Международного аэропорта Кота-Кинабалу используется для обслуживания чартерных и бюджетных авиакомпаний. Несмотря на это, инфраструктура терминала предоставляет полный набор услуг в отличие, например, от терминала бюджетных перевозчиков в международном аэропорту Куала-Лумпур. На территории терминала расположены 26 стоек регистрации пассажиров на рейсы внутренних и международных направлений, 6 стоянок самолётов класса Boeing 737 и Airbus A320, 7 автоматов для рентгеновской проверки багажа, отдельный зал повышенной комфортности для VIP-пассажиров и 13 стоек иммиграционного контроля.

Пропускная способность Терминала 2 составляет до трёх миллионов пассажиров ежегодно.

Авиапроисшествия и несчастные случаи

• 6 июня 1976 года. Самолёт авиакомпании Sabah Air, выполнявший чартерный рейс по контракту с правительством страны, разбился через 30 минут после взлёта из международного аэропорта Кота-Кинабалу в районе посёлка Сембулан. Погибли все 11 человек на борту самолёта, включая премьер-министра Сабаха Туна Фуада Стивенса.
• 16 ноября 1991 года. При посадке в аэропорту Кота-Кинабалу потерпел крушение 11-местный самолёт Pilatus PC-6 Королевской полиции Малайзии. Погибли трое полицейских на борту.
• 18 июля 2003 года. Самолёт Airbus A330-342 авиакомпании Dragonair, следовавший регулярным рейсом из международного аэропорта Гонконг в Международный аэропорт Кота-Кинабалу, попал в зону сильной турбулентности, сопряжённой с тропической депрессией Кони над Южно-Китайским морем. В результате сильной болтанки 12 членов экипажа и 3 пассажиров получили ранения, самолёт вернулся в аэропорт Гонконга и благополучно произвёл посадку.
• 8 ноября 2004 года. Самолёт Boeing 737—300 авиакомпании AirAsia, следовавший регулярным рейсом 104 в Международный аэропорт Кота-Кинабалу, при совершении посадки в аэропорту назначения занесло на взлётно-посадочной полосе. На борту находились 111 пассажиров и 5 членов экипажа, трое пассажиров (пятилетняя девочка и две женщины) при аварийной эвакуации из самолёта получили травмы и были доставлены в больницу имени Королевы Елизаветы.