В 1964 году Кения обрела независимость, после чего воздушная гавань была переименована в Международный аэропорт Найроби. В 1972 году Всемирный банк одобрил выделение кредита на программу модернизации и расширения аэропортовой инфраструктуры, включающей возведение нового пассажирского терминала, строительство первого грузового терминала, новых рулёжных дорожек, зданий полицейской и пожарной служб, а также реконструкцию подъездных автомобильных дорог к терминалам. Общая стоимость проекта составила 29 миллионов долларов США (111 818 078 долларов в пересчёте на цены августа 2013 года). 14 марта 1978 года был введён в эксплуатацию ныне действующий пассажирский терминал, во главе торжественной церемонии открытия находился президент страны Джомо Кениата. 22 августа 1978 года порт сменил своё официальное название в честь первого президента Кении.

5 августа 2013 года в магистральном топливопроводе аэропорта образовалась воздушная пробка. Вследствие этого порт был закрыт на приём и отправку всех самолётов, около тысячи пассажиров были размещены на ночёвку в соседних гостиницах. К утру следующего дня проблема была устранена и аэропорт заработал в штатном режиме.

7 августа 2013 года в иммиграционной зоне зала вылета возник сильный пожар, быстро распространившийся на зал прилёта международных линий. Аэропорт был закрыт, прибывающие в Найроби воздушные суда перенаправлены в другие аэропорты Кении, главным образом в Момбасу.

Терминал

Прежний пассажирский терминал, расположенный по северную сторону от взлётно-посадочной полосы, находится в ведении Военно-воздушных сил Кении и часто называется «Старым аэропортом Эмбакаси».

Здание современного пассажирского терминала построено в форме полукруга и состоит из трёх секций: первая и вторая секции обслуживают международные рейсы на вылет и прилёт, третья секция используется для внутренних авиарейсов. Сдача в строй четвёртой секции пассажирского терминала была запланирована на конец 2013 года, однако из-за необходимости ликвидации последствий пожара 7 августа сроки сдачи нового объекта, скорее всего, будут пересмотрены.

Авиапроисшествия

• 20 ноября 1974 года. Самолёт Boeing 747—130 (регистрационный D-ABYB) авиакомпании Lufthansa, следовавший регулярным рейсом LH540 из Франкфурта в Йоханнесбург с промежуточной посадкой в Найроби, разбился на взлёте с полосы 24 аэропорта Найроби вследствие ошибки экипажа, не установившего закрылки во взлётную конфигурацию. Погибло 59 человек из 157 находившихся на борту. Первая катастрофа Boeing 747 с человеческими жертвами.
• 17 мая 1989 года. Прерванный взлёт Boeing 707-330B авиакомпании Somali Airlines. Самолёт выкатился за взлётно-посадочную полосу и остановился на соседнем рисовом поле. На борту находилось 70 пассажиров и членов экипажа, о пострадавших не сообщалось.
• 4 декабря 1990 года. Грузовой Boeing 707-321C (регистрационный ST-SAC) авиакомпании Sudania Air Cargo при совершении посадки в аэропорту Найроби на ВПП 06 задел телеграфный столб в пяти километрах от торца полосы, упал на землю и загорелся. Погибли все 10 человек, находившиеся на борту самолёта. Во время катастрофы видимость в районе аэропорта составляла 500 метров, туман, низкая облачность до 30 метров.
• 6 июня 2012 года. При совершении посадки Airbus A320 авиакомпании EgyptAir, выполнявшего регулярный рейс 849 из Каира, лопнуло колесо основной стойки шасси, в результате чего лайнер съехал с взлётно-посадочной полосы. Порт был закрыт на несколько часов, прибывающие рейсы перенаправлены в другие аэропорты Кении, Уганды и Танзании. На борту самолёта находилось 123 человека, о пострадавших не сообщалось.