Четвёртый и пятый этажи терминала занимала администрация порта, на шестом располагались сотрудники местной метеостанции и аэронавигации аэропорта. Седьмой и восьмой этажи занимали службы обеспечения наземного движения (взлётно-посадочные полосы, рулёжные дорожки) и воздушного движения соответственно. Девятый этаж здания отводился под службу энергоснабжения и, наконец, на десятом этаже находилась диспетчерская службы аэропорта.

К 1973 году международный аэропорт Эль-Дорадо обслужил три миллиона человек и обработал почти пять миллионов единиц различных грузов. В том же году был зарегистрирован рекордный рост пассажиров на внутренних и международных направлениях аэропорта, что естественным образом подняло вопрос о необходимости строительства второй взлётно-посадочной полосы. В 1981 году национальный авиаперевозчик Avianca достроил в аэропорту собственный пассажирский терминал «Puente Aéreo» для обслуживания своих высокозагруженных маршрутов в Кали, Медельин, Майами и Нью-Йорк. Терминал открыл сам президент Колумбии Хулио Сесар Турбай Айяла. В 1990 году на третий этаж здания главного терминала переехал офис управления гражданской авиации Колумбии. В том же году на территории аэропорта были построены здания Центра исследований воздухоплавания и Национального центра аэронавигации. В 1998 году состоялось официальное открытие второй взлётно-посадочной полосы аэропорта.

Главный хаб Avianca

10 декабря 1998 года флагманский перевозчик Avianca официально открыла свой главный хаб в международном аэропорту Эль-Дорадо, предложив к услугам пассажиров более шести тысяч еженедельных регулярных рейсов. Стыковки с того момента и по настоящее время компания осуществляет как на собственных рейсах, так и на код-шеринговых маршрутах с авиакомпаниями-партнёрами Delta Air Lines, Iberia, Air Canada, Lufthansa и Air France.

Порт работает в режиме полноценного хаба Avianca, обеспечивая простые стыковки по внутренним маршрутам (такими, как Медельин-Сан-Андрес), с внутренних на международные направления (например, из Кали в Лос-Анджелес), с международных на внутренние направления (например, между Форт-Лодердейлом и Барранкильей), между внешними рейсами (например, Париж-Гуаякиль), а также между внешними маршрутами по код-шерингу такими, как Атланта-Картахена (Delta Air Lines и Avianca).

Инфраструктура хаба облегчает стыковки транзитным пассажирам, предлагая услуги отдельных стоек регистрации, автобусы между зданиями терминалов, а также выделенную зону ожидания для стыковочных международных рейсов во избежание прохождения таможенного и иммиграционного контроля в Колумбии.

Терминал Puente Aéreo

В 1981 году Avianca приняла в эксплуатацию здание собственного пассажирского терминала Puente Aéreo (рус. Аэромост). Изначально авиакомпанией предполагалось обслуживание в её терминале высокозагруженных маршрутов в Кали, Медельин, Майами и Нью-Йорк, однако Avianca к 2005 году перенесла и всё свои внутренние рейсы, а международные маршруты в Майами и Нью-Йорк, наоборот, вынесла обратно в здание основного (общего) пассажирского терминала.

В 2006 году по заказу Avianca были проведены работы по капитальному ремонту «Puente Aéreo». При этом, авиакомпания приняла во внимание некую неопределённость на тот момент в дальнейшей судьбе аэровокзального комплекса — в качестве одного из вариантов дальнейшего развития аэропорта рассматривался проект по сносу всех терминалов (включая грузовые) и возведение на их месте нового большого и современного здания грузопассажирского терминала. Поэтому выполненные в 2006 году работы носили характер временных — дешёвых, но эффективных. Так, например, дорожки к самолётам для пассажиров отделаны плиткой поверх прежних рулёжных дорожек; пассажиры при этом, следуя пешком к самолёту, пересекали полосы движения автобусов, багажных тележек и другого перронного транспорта. Далее на гейте они поднимались по лестнице алюминиевой конструкции и заходили в самолёт. Подобные схемы были нормой в 1950-60-х годах на заре развития коммерческой авиации, однако в XXI веке они полностью устарели.

Терминалы

По состоянию на 2016 год в международном аэропорту Эль-Дорадо на завершающем этапе ведутся строительные работы по возведению нового современного здания пассажирского Терминала 1 (Т1). Конструкция терминала имеет форму буквы «Н» и состоит из двух главных конкорсов: международного на северной стороне и внутреннего на южной стороне. В международном конкорсе имеются три больших зала повышенной комфортности для клиентов авиакомпаний LAN Airlines, Avianca и American Airlines, большая зона магазинов беспошлинной торговли, пункт проката автомобилей, билетные кассы, банкоматы, телефоны, камеры хранения и даже небольшое казино. На всей площади Т1 функционирует бесплатный Wi-Fi.

Новый терминал имеет несколько зон регистрации пассажиров, включая киоски самостоятельной регистрации, а также существенно увеличенную в сравнении с прежним терминалом зону иммиграционного контроля. Для владельцев биометрических паспортов и членов программы Global Entry установлены отдельные стойки ускоренного предполётного досмотра на международные рейсы. Оба конкорса оборудованы многочисленными эскалаторами, траволаторами и лифтами. Терминал 1 эксплуатирует 32 выхода на посадку (гейты): 17 для внутренних рейсов, 10 для международных направлений и ещё 5 работают в удалённом режиме.

Терминал авиакомпании Avianca «Puente Aéreo» в настоящее время имеет обозначение Т2 (Терминал 2). Ранее и с 2006 года он работал исключительно для обслуживания внутренних рейсов флагманской авиакомпании. 8 июня 2014 года Avianca начала постепенный перенос своих маршрутов в главное здание Т1, Терминал 2 же в конечном итоге будет использоваться в качестве торговой зоны и гостиницы премиум-класса флагмана.

Авиапроисшествия и инциденты

• 7 июня 1973 года. Самолёт Vickers Viscount (регистрационный HK-1061) авиакомпании Aerolíneas TAO получил серьёзные повреждения при грубой посадке в Эль-Дорадо. О пострадавших не сообщалось, лайнер ремонту не подлежал и был списан.
• 24 января 1980 года. Douglas C-53D (регистрационный HK-2214) авиакомпании Aerotal Colombia во время испытательного полёта разбился вблизи аэропорта Эль-Дорадо, погибли все четверо пилотов на борту. Причиной катастрофы стал отказ двигателя.
• 8 февраля 1986 года. При выполнении грузового рейса из Боготы в Рондон сразу после взлёта на лайнере Douglas DC-3 (регистрационный HK-3031) авиакомпании SAEP Colombia отказал двигатель. Экипаж принял решение немедленно вернуться в аэропорт вылета, однако, при заходе на посадку самолёт упал перед ВПП и загорелся. Несмотря на возникший пожар, полностью уничтоживший машину, всем пятерым на борту удалось спастись.
• 25 января 1990 года. Самолёт Boeing 707-321B (регистрационный HK-2016) авиакомпании Avianca следовал регулярным рейсом AVA052 по маршруту Богота—Медельин—Нью-Йорк (Джона Кеннеди). Вследствие длительного нахождения в зоне ожидания нью-йоркского аэропорта лайнер выработал всё топливо и совершил аварийную посадку на лесной массив на острове Лонг-Айленд. Из 158 человек выжило 85.

• 20 апреля 1998 года. Самолёт Boeing 727—230/Adv (регистрационный HC-BSU) авиакомпании TAME, работавший в мокром лизинге с эквадорским экипажем и под брендом Air France, выполнял регулярный рейс AF422 из международного аэропорта Эль-Дорадо в международный аэропорт Кито. После взлёта вследствие ошибок экипажа лайнер врезался в гору в 10 километрах к востоку от аэропорта Боготы, погибли все 53 человека на борту.

• 7 июля 2008 года. Boeing 747-209B авиакомпании Kalitta Air выполнял чартерный рейс в международный аэропорт Майами с грузом цветов. Сразу после взлёта экипаж обнаружил пожар в одном из двигателей и попытался вернуться в аэропорт Эль-Дорадо. Самолёт потерпел крушение в районе местной деревни Мадрид, разрушив при этом дом местных жителей и убив пятерых человек. Восемь пилотов получили травмы различной степени тяжести, однако все выжили.