Первые 65 лет, он был единственным аэропортом в городе, пока в 1983 году не открылся аэропорт Виру-Виру. С тех пор, в Эль-Тромпильо садились и из него улетали лишь внутренние рейсы, а также рейсы, перевозившие студентов из ВВС Боливии.

Первыми авиакомпаниями, которые пользовались аэропортом, стали Lloyd Aéreo Boliviano (известная как LAB) и Panagra. Было зарегистрировано около 70 взлётов и посадок самолётов ВВС, мелких и больших авиакомпаний. С 1980 по 1985, количество зарегистрированных самолётов увеличилось из-за борьбы с перевозкой наркотиков. Сам аэропорт потерял статус международного, в пользу аэропорта Виру-Виру.

3 июня 2014 года, аэропорт снова получил статус международного, и Санта-Крус-де-ла-Сьерра стал единственным городом в Боливии с двумя международными аэропортами. Аэропорт служил поддержкой аэропорту Виру-Виру, когда последний был сильно загружен.

На 2019 год, аэропорт больше не оперирует коммерческими пассажирскими рейсами, с того момента, как национальный перевозчик Transporte Aéreo Militar прекратил работу.

Инциденты

• 29 июля 1961 года, Lockheed Constellation с регистрационным номером N2520B, принадлежащий Lloyd Aéreo Boliviano и прилетевший из Майами, был перехвачен ВВС Боливии после взлёта из аэропорта Эль-Тромпильо. Самолёт пытался скрыться, но был вынужден вернуться в аэропорт после погони, в результате которой погиб пилот ВВС Альберто Передо Сеспедес, чей Mustang PF-51 потерпел крушение. Четыре человека на Lockheed Constellation были арестованы и осуждены за контрабанду и убийство. Позже, они были выпущены под залог, и уехали из Боливии. Сам самолёт остался в Боливии. В рекламных целях его использовали авиакомпания Aerosur и корпорация PepsiCo. На испанском инцидент известен как "Инцидент с пиратским самолётом".