На первых этапах своего существования музей выживал за счёт частных пожертвований и размещался не в специальном здании, а в одном из государственных учреждений. В 1889 году музей переехал в новом помещение на улицу Виктории, где разместился в средневековых стенах города. Строительство нынешнего здания началось в 1908 году, и было посвящено памяти королевы Виктории. Музей был построен по проекту архитектора Г. Баланоса из Археологического общества Афин, а его строительством руководил Джордж Эверетт Джеффри, тогдашний куратор музея. В 1961 году у музея появилось дополнительное здание для складов и галерей.

Коллекции

Сразу же после открытия музей стал получать многочисленные предметы и артефакты с раскопок на острове, которые велись в основном под руководством британских экспедиций. Первый полный каталог всех собраний музея был издан в 1899 году. Коллекция музея значительно пополнилась в ходе первой крупномасштабной археологической экспедиции на острове, которую осуществили шведские учёные между 1927 и 1931 годом под руководством профессора Эйнара Гьерстада.

Музей состоит из 14 залов, которые располагаются в хронологическом и тематическом порядке, начиная с доисторического периода Кипра (докерамический неолит B) и заканчивая римским периодом. Помимо выставочных залов в нём располагаются библиотека, склады и лаборатории для сохранения и изучения коллекция музея.

В последние годы наблюдается децентрализация коллекций музея и всё большее их распределение по небольшим местным музеям Кипра Его коллекция уже давно переросла потенциал существующего здания, так что лишь небольшая часть всех его ценностей экспонируется в его стенах. В связи с продолжающимися раскопками и появлением всё новых артефактов был поднят вопрос о переезде в новое, более просторное здание, но он до сих пор так и не решён. Высказывались предложения о переезде в близлежащие пустующее здание бывшего центрального госпиталя Никосии или создании нового музея в рамках большого культурного центра на месте старого стадиона «GSP».