На несоответствующие условия хранения церковных древностей впервые обратил внимание протодиакон Лео Касанко, исполнявший обязанности секретаря при архиепископе Германе (Ааве). Общими усилиями руководства Финляндской архиепископии, Учёной архивной комиссии и Объединения музеев Финляндии в 1957 году в Куопио был открыт церковный музей, разместившийся первоначально в помещениях на первом этаже дома священника на улице Венемиехенкату (в этой связи музей шутливо называли «подвальный музей»).

24 апреля 1968 года архиепископом Карельским Павлом (Гусевым) в Куопио было заложено новое здание Церковного управления Финляндской архиепископии Константинопольского патриархата. В этой связи было предусмотрено строительство специальных площадей под церковный музей, который переехал в новое помещение на улице Карьяланкату в 1969 году. В 1971 году был официально избран первый директор музея.

Коллекция музея насчитывает значительное количество предметов церковного искусства XVII—XX веков из числа имущества эвакуированных вглубь страны православных приходов Карельского перешейка и монастырей (Коневского и Печенгского). Формирование коллекции продолжается за счёт частных дарений, подарков членов организации «Лотта Свярд» и закупок с аукционов.

В штате сотрудников музея: директор, научный сотрудник, специалист по консервации тканей, ассистент и лектор.

В 2000-х годах, в течение ряда лет музей был закрыт на реконструкцию. 24 апреля 2015 года митрополит Шведский Клеопа (Стронгилис) открыл обновлённую экспозицию музея.

В 2017 году, в честь 100-летия независимости Финляндии, в музее была устроена выставка, посвящённая верованием финнов.