В начале 1980—х годов планировалось реализовать проект снабжения Турции водой и энергией путём строительства плотин. Существовала опасность, что в результате разлива реки значительная часть Зевгмы с его мозаиками навсегда будет затоплена.

Строительство плотин было решено начать в 1996 году. Перед строительством в 1995 году начались раскопки в сотрудничестве с Археологическим музеем Газиантепа и различными международными организациями. В ходе раскопок были найдены многочисленные артефакты, в том числе большое количество хорошо сохранившихся мозаик и фресок. В раскопанном престижном районе бывшего города, вероятно, жили высокопоставленные чиновники и офицеры, купцы, разбогатевшие на торговле.

Все артефакты были собраны в Музее Газиантепа, который, однако, вскоре оказалась слишком мал для них. Тогда в 2008 году было начато строительство отдельного музея для собранных экспонатов. Музей был построен и открыт для посетителей 27 мая 2011 года. На официальном открытии присутствовал премьер-министр Р. Т. Эрдоган и министр культуры Э. Гюнай.

В настоящее время около 25 % западного берега античного города Зевгмы находится на 60 метров под водой, восточный берег также затоплен.

Экспозиция

Площадь музея составляет 90,000 кв. футов, в том числе выставочный зал — 7,500 кв. футов. Его размеры сравнимы с размерами Национального музея Бардо в Тунисе, крупнейшего музея мозаики в мире.

В музее также хранится 140 м² фресок, статуи, четыре римских фонтана, колонны, стелы и саркофаги, бронзовая статуя бога войны Марса. Статуя бога войны расположена на колонне и видна с любого места здания. Статуя имеет незначительные следы ожогов.

В выставочном зале музея есть большие интерактивные экраны, которые предоставляют информацию об истории и раскопках города Зевгмы.

Из хорошо сохранившихся мозаик в музее представлена мозаика с изображением бога моря Океана и его жены Teфии в окружении морских существ и четырёх людей верхом на дельфинах. Бог моря изображен с двумя крабовыми клешнями на голове в виде рогов, держа в руке весло. Тефия изображена с двумя крыльями на голове. Мозаики были найдены на дне бассейна. Такие изображения бога моря с морскими существами были популярными в мозаичных картинах ванных комнатах людей того времени.

Хорошо сохранилась также мозаика с фигурами Эроса и Психеи. Они сидят на мягком диване, положив ноги на широкую подставку. Эрос сидит босиком, ноги Психеи покрыты плащом. Они также сидят на небольшом расстоянии друг от друга, а их головы поворачиваются друг к другу. Эрос представлен как красивый юноша без рубашки, на его голове надет венец из листьев, в правой руке он держит на коленях букет. Психея одета в тунику с рукавами, её плащ выполнен из полупрозрачного материала. Голова украшена венком из листьев и вуалью. Мозаика была найдена в римском доме Посейдона и датируется около 2 — середины 3 — го века.