В результате гражданской войны огромное количество монастырей и церквей было в ту пору ликвидировано. Государству следовало позаботиться об имевшихся там произведениях искусства. Такой фонд поначалу был создан в монастыре святого Франциска, ставшем резиденцией впервые появившейся Академии изящных искусств. Позже, в 1869 году, состоялась первая экспозиция.

Решение перенести собрание во дворец Помбаль было принято в 1882 году. С тех пор оно постоянно пополнялось, в первую очередь за счёт богатых дарителей, одним из которых стала королева Карлотта Жуакина, а другим — армянский нефтяной магнат Галуст Гюльбенкян, очень много сделавший для культурной жизни Португалии. Вскоре выбранное здание оказалось слишком малым для коллекции. Было решено, что часть собрания следует переместить в новое помещение, а поскольку подходящих построек не нашлось, постановили таковое построить, что и было сделано к 1994 году.

Коллекция

Сегодня музей хранит 2200 произведений живописи за период с XIV века по 1820 год. Все фонды условно поделены на семь разделов: живопись, скульптура, рисунок и графика, изделия из золота и серебра, керамика, текстиль, мебель. Помимо перечисленных коллекций, здесь имеются коллекции искусства Африки и Дальнего Востока — свидетельства минувшего колониального господства. В собрании живописи есть несколько изысканых экспонатов: изображение святого Иеронима, выполненное Альбрехтом Дюрером, которое художник лично продал заинтересованному лицу из Португалии. Здесь есть работы Лукаса Кранаха Старшего, Гольбейна, Веласкеса. Музей располагает одной из известнейших картин Иеронима Босха — «Искушение святого Антония»; это трёхчастный алтарь с изображением благочестивого египетского отшельника, осаждаемого толпищами демонов и алчных чудовищ. Особая заинтересованность публики, вызванная патриотическими чувствами, ощущается в разделе португальской живописи, охватывающем почти четыре века её развития. В подавляющем большинстве это религиозные сюжеты и портреты. Кульминацией этого раздела является значительный памятник португальской живописи XV века «Алтарь Святого Винцента» работы художника Нуну Гонсалвиша, состояжий из шести панелей. На них он написал около шестидесяти фигур сумрачных святых, а под ними — Генриха Мореплавателя, бледного человека с усами в чёрном головном уборе с молитвенно сложенными руками.