Создание комплекса велось в рамках реализации масштабной туристической программы «Мир майя» (Mundo Maya), предусматривающей открытие в стране также ряда других музеев.

Экспозиции

Постройка представляет собой приподнятое на колоннах овальное здание, фасад которого оплетён зелёной металлической конструкцией, символизирующей листву Древа жизни. «Ствол дерева» представлен внутренней спиральной лестницей, а «корни» — цокольное помещение с подвалами, исследовательскими лабораториями, археологическими находками и парковкой на 260 автомобилей. Основное пространство занимают выставочные залы (3 тысячи м²), детский центр и терраса. На верхних этажах находятся кабинеты администрации музея, кинотеатр MAYAMAX на 300 зрителей и выставочный зал.

Более 1600 экспонатов представляют стелы, керамику, украшения, ткани, предметы культа и быта, гравюры, книги, исторические документы, а также наследие доисторического периода. Отдельная экспозиция посвящена древнему ударному кратеру Чиксулуб.

Выставочные залы разделены на четыре тематические зоны: этнографическая, антропологическая, археологическая и историческая:

• Зал № 1: El Mayab, Naturaleza y Cultura (майя, природа и культура) — географическое и культурное разнообразие региона майя.
• Зал № 2: Mayas de Hoy (современные майя) — вопросы экономики, образования, церемоний и повседневной жизни современных майя.
• Зал № 3: Mayas de Ayer (вчерашние майя) — радикальные экономические, политические и социальные преобразования в связи с колонизацией.
• Зал № 4: Mayas Ancestrales (древние майя) — древние представления о мире, культура и знания майя.

Рядом с музеем 11 марта 2018 года по проекту скульптора Рейнальдо Болио Суареса (известного под псевдонимом Пачелли) установлен 3-метровый памятник в честь учёного Юрия Валентиновича Кнорозова, расшифровавшего письменность майя. На постаменте закреплена гранитная табличка с датами жизни учёного (1922—1999) и указанием о сделанном им открытии на двух языках, а также выбиты слова, произнесённые Кнорозовым по-испански на церемонии вручения ордена Ацтекского орла за исключительные заслуги перед Мексикой: «Сердцем я всегда остаюсь мексиканцем». Работы оплатили Мезоамериканский центр имени Кнорозова и другие представители российской стороны.

Расположение и услуги

Музей находится в столице мексиканского штата Юкатан, в городе Мерида по адресу Calle 60 Norte 299 E. Unidad Revolución Cordemex. У музея останавливается общественный транспорт^{[какой?]}.

Музей приспособлен для пожилых и людей с ограниченными возможностями: имеются тротуарный лифт, пандусы, надписи шрифтом Брайля, зоны отдыха.

Описание экспонатов представлено на трёх языках — майяском, испанском и английском. Аудиогиды имеются также на других языках.