В 2001 году в состав учредителей музея вошел Прешовский самоуправляемый регион. 16 ноября 2002 года на площади перед музеем был открыт памятник Энди Уорхолу высотой 230 сантиметров работы Юрая Бартуша (Juraj Bartusz).

В 2011 году, во время празднования 20-летия музея, была установлена мемориальная доска Джону Уорхолу. В 2016 году Музей современного искусства имени Энди Уорхола отметил 25-летие со дня своего основания — по этому случаю музей посетил племянник Энди Уорхола Дональд Уорхол (Donald Warhol) с семьёй.

Экспозиция

В настоящее время экспозиционная часть музея разделена на три части:

• В первой части представлены работы еще одного брата Энди Уорхола — Пола Уорхола (Paul Warhola) и его сына Джеймса. Пол был художником-любителем, а его сын Джеймс стал профессиональным художником и иллюстратором.
• Вторая часть содержит подлинные материалы о происхождении Энди Уорхола — документы, которые свидетельствуют о русинских корнях художника: его мать и отец (Эндрю и Джульетта Уорхол) были родом из села Микова у Стропкова на северо-востоке современной Словакии, в котором родились и крестились Пол, Джон и Энди.
• Третья выставочная часть музея представлена ​​работами Энди Уорхола и состоит из произведений, предоставленных музею Фондом визуальных искусств им. Энди Уорхола в Нью-Йорке, а также произведений из частных коллекций. В экспозиции представлены все творческие периоды художника, большинство работ выполнены трафаретной печатью. В числе наиболее важных произведений — портреты Лилиан Картер (1977), Kimiko Powers (1981), Ингрид Бергман (1983), Милдред Шеель (1980), Святой Аполлонии (Saint Apollonia, 1984), Теодора Рузвельта (1986), Ханса Кристиана Андерсена (1987), лидера группы «Роллинг Стоунз» Мика Джаггера (1975) и другие. Среди работ коммунистической тематики представлены картины «Серп и молот» (1976) и «Красный Ленин» (1987). Всего в словацком музее Энди Уорхола насчитывается 160 постоянных работ и артефактов художника.