Музей был фактически открыт с 1959 года — но формальной датой его открытия считается 10 марта 1961 года, когда прошла торжественная церемония с участием президента Мануэля Прадо-и-Угартече. В 1966 году в музейном здании появляется реставрационная лаборатория, а в 1974 году здание было признано памятником архитектуры. В 1979 году появилось постановление Верховного суда Перу, в котором помещения музея были объявлены «предназначенными исключительно для культурных целей».

В 1986 году в музее прошла реконструкция — была отремонтирована его библиотека, расположенная на первом этаже. Через два года в музее начала свою деятельность специальная реставрационная мастерская. В 1993 году была создана программа «Друзья музея» (Programa Amigos del Museo, PAM) с целью «установления более тесных связей между обществом и музеем», а через три года в здании прошёл первый ежегодный художественный аукцион. В 1998 году художественным объединением и местными властями был подписан новый договор аренды, продливший её еще на 30 лет.

За годы своего существования музей получил многочисленные пожертвования как от властей и граждан страны, так и от иностранных правительств, включая США. Музею передавались как предметы доколумбова искусства, так и произведения современного искусства. Среди работ, созданных после 1940 года, в музее представлены произведения перуанских художников Фернандо де Шишло, Тильсы Цучии и Херардо Чавеса. Музей также стремится продемонстрировать и художественные тенденции конца XX — начала XXI веков.