С 1924 года IX форт был передан Министерству внутренних дел Литовской республики и использовался как филиал Каунасской тюрьмы, однако его оборонительное значение на случай войны сохранялось.

В 1940—1941 гг. девятый форт использовал НКВД для временного размещения политзаключённых по пути в лагеря ГУЛАГа.

Во времена нацистской оккупации Девятый форт использовался как тюрьма и место массовых расстрелов людей. Заключенные Девятого форта после работы содержались в цепях. Тем не менее, известен случай побега узников 24 декабря 1943 года. С июня 1941 по лето 1944 года в Девятом форте нацистами было убито более 50 000 человек, в основном евреев из Каунаса и евреев, депортированных из Германии.

В 1944 году при отступлении из города оставшихся заключённых немцы перевезли в другие лагеря, была предпринята попытка уничтожить останки расстрелянных людей сжиганием трупов. С тех пор девятый форт известен как «форт Смерти».

После Второй мировой войны форт ещё несколько лет использовался как место заключения.

С 1948 по 1958 год им пользовались сельскохозяйственные организации. В 1958 году в IX форте начали основывать музей. В 1959 г. в четырёх камерах была подготовлена первая экспозиция, о гитлеровских преступлениях на территории Литвы. В 1960 году начаты исследования мест массовых убийств, были собраны экспонаты, которые пополнили музей. При этом слово «еврей» в экспозиции не упоминалось.

В 1962 году на экраны вышел литовский фильм «Шаги в ночи», посвящённый реальному событию — побегу узников из Девятого форта. Из 64 участников побега 60 были евреи. Но поскольку в СССР нельзя было упоминать о героизме евреев и вообще о еврейском характере Катастрофы, в фильме героями стали коммунисты.

11 апреля 2011 года музей был осквернён антисемитами. Мемориальные надгробия были разбиты, свастика и слова «Juden raus» были нарисованы в музее.

 Адрес: Žemaičių pl. 73,Kaunas 47435,Литва