Кесон-Сити построен на месте небольших городков Сан-Франциско-Дель-Монте, Новаличес и Балинтавак. Идея строительства Кесон-Сити в качестве новой столицы Филиппин принадлежит президенту Мануэлю Кесону. Решение о проектировании новой столицы было принято президентом Кесоном в 1938 году. В качестве причин переноса столицы из Манилы были заявлены её перенаселённость и неудачное, с точки зрения военных, расположение на берегу моря. Датой основания города считается 12 октября 1939 года — дата вступления в силу закона о начале строительства нового города.

В 1941 году был принят генеральный план нового города. Ядром города должен был стать центральный парк площадью 400 га, ограниченный со всех сторон проспектами.

17 июля 1948 года Кесон-Сити был объявлен новой столицей страны. С 1975 года Кесон-Сити является одним из 17 городов и муниципалитетов, входящих в Столичный регион. В 1976 году столица Филиппин была возвращена в Манилу. 22 февраля 1986 года Кесон-Сити стал местом бескровной Жёлтой революции

18 марта 1996 года в клубе «Озон Диско», расположенном на улице Timog Avenue, произошёл пожар, в котором погибли 162 человека, из которых около 150 были подростками. Это происшествие является (по состоянию на 2014 год) самым смертоносным пожаром в истории Филиппин и занимает 8-е место в списке крупнейших пожаров в ночных клубах в мире.

Население

Кесон-Сити стал первым городом страны по численности населения в 1990 году, когда он окончательно опередил Манилу. Согласно переписи 2015 года, население Кесон-Сити составляло 2,936,116 человек, что более чем на 1,1 млн человек больше, чем в Маниле.