За свою историю церковь неоднократно разрушалась и реставрировалась, но её средневековый внешний вид легко угадывается и сегодня. Яановская церковь представляет собой трехнефное сооружение с мощной западной башней. Так как церковь не строилась по единому плану, свой окончательный вид она получила после неоднократных достроек и перестроек, а также катастроф. Точная дата начала и продвижение строительства неизвестна. Источники повествуют, что в 1323 году приход или даже сама церковь уже существовали. Археологические раскопки помогли восстановить и дополнить историю церкви.

Так, например, выяснилось, что история сооружения церкви уходит вглубь веков гораздо дальше, чем это может показаться по внешнему виду сакрального строения. Обнаруженные в ходе раскопок фрагменты продольного деревянного сооружения датируются 12-13 вв. По таким находкам трудно судить о внешнем облике здания, однако точно известно, что это был христианский храм, существовавший ещё до завоевания и тотальной христианизации Эстонии в 13 в.

Вероятнее всего, что в архитектурном облике, построенной во второй половине 14 века церкви, выделялась мощная западная башня. Западный портал здания украшал декоративный фронтон, в котором находилось 15 скульптур. В центре композиции находился Иисус, которого окружали Мария, Иоанн Креститель и 12 апостолов. Данная композиция представляет собой сцену страшного суда и моления-заступничества за людей перед Иисусом Христом Богоматери, Крестителя и святых апостолов.

Богато были оформлены внутренние интерьеры церкви, особенно центральная часть. К сожалению, до нашего времени сохранились лишь маленькие остатки былой красоты. Уникально оформлена главная стена между аркадами и верхними оконными частями приходского помещения. В рядах ниш, создающих иллюзорный трефолий, находятся сидящие скульптуры под балдахинами, в центре - фигуры в коронах и со скипетрами. Образцы подобного эксклюзивного оформления главной стены можно встретить лишь в английской готике. Значительная роль принадлежит терракотовым скульптурам и в оформлении торцевых стен центрального нефа церковного здания.

Любекская часовня, пристроенная гораздо позднее, прошла долгий и сложный путь в своем строительстве. В результате было сооружено двухсводчатое помещение, которое объединялось с главным нефом с помощью большого портала.

Сильно пострадала церковь во время Северной войны, а в период второй мировой войны после налета на Тарту советских бомбардировщиков Яановская церковь сгорела.

С 1989 года начинается восстановление церкви. Ремонтные и реставрационные работы с периодичностью велись по 2005 год. Летом 2005 года состоялась торжественная церемония открытия восстановленной Яановской церкви.

 Адрес: Jaani 5, 51007 Tartu, Эстония
 Телефон(ы): +372 744 2229