Аэропорт до распада СССР имел прямое Союзное Центральное сообщение: с Москвой ( 1 рейс 5 раз в неделю) в аэропорт Домодедово, дополнительные рейсы из Внуково (1 рейс 2 раза в неделю) и из Шереметьево ( 1 рейс 2 раза в неделю), с Ленинградом/Санкт Петербургом ( 1 рейс 2 раза в неделю), со Свердловском/Екатеринбургом (1 рейс 2 раза в неделю), с Киевом ( 2 рейса по 1 разу в неделю), с Симферополем (3 рейса, один рейс 2 раза в неделю, 2 рейса по 1 разу в неделю), с Сургутом ( 2 рейса, 1 рейс 2 раза в неделю, 1 рейс 1 раз в неделю), с Фрунзе (1 рейс 4 раза в неделю), с Абаканом (1 рейс 3 раза в неделю), с Минеральными Водами ( 1 рейс 2 раза в неделю), с Душанбе (2 рейса, один рейс 7 раз в неделю, второй рейс 4 раза в неделю), с Новосибирском (3 рейса, один рейс 4 раза в неделю, 1 рейс 2 раза в неделю и 1 рейс 1 раз в неделю), с Алма-Атой ( 4 рейса, 1 рейс 7 раз в неделю, 2 рейса по 4 раза в неделю каждый и один рейс 3 раза в неделю)), с Куйбышевом/Самарой ( 1 рейс 3-4 раза в неделю), с Курган-тюбе (1 рейс 7 раз в неделю), с Магаданом (1 рейс 4 раза в неделю), с Анадырью (1 рейс 4 раза в неделю), с Павлодаром (1 рейс 4 раза в неделю), с Балхашом (1 рейс 4 раза в неделю), с Нижневартовском (1 рейс 2 раза в неделю), с Омском, с Челябинском, с Красноярском, с Тюменью, с Уфой по одному разу в неделю и многими другими городами. Прямое Региональное сообщение с Ташкентом (22 рейса, в том числе: 8-9 рейсов в день на самолетах Ан-24 и Як-40, и 3-4 рейса в день на самолетах ТУ-154 (164-180 мест), с Самаркандом (2 рейса, один 4 раза в неделю, второй 3 раза в неделю), с Карши (4 раза в неделю), с Нукусом (4 раза в неделю), с Бухарой, Ургенчем, Термезом и Джизаком по три раза в неделю.

В 1992 году после распада СССР и обретения Узбекистаном независимости аэродром перешёл под юрисдикцию Узбекистана. Используется в гражданских целях как международный аэропорт Андижан. В аэропорту базируется национальная авиакомпания «Uzbekistan Airways».

в 2015 году Андижанскому аэропорту был присвоен статус Международного аэропорта. В здании аэропорта имеется терминал прилета и вылета пассажиров, отдельное здание — зал транзитных пассажиров и отдельное здание — зал обслуживания официальных делегаций.

В настоящее время, ТОП Менеджеры зарубежных инвест компаний (Италия и Китай), разрабатывают принципиально новую воздушную гавань "Андижан".

В Андижане будет построен первый в Узбекистане ЭКО-АЭРОПОРТ, здание Аэровокзала будет спроектировано в виде Герба Узбекистана. Строительство Аэропорта будут осуществлять инвесторы из Турции в 2020 году, стоимость будущих инвестиций составит 120 млн. долларов США.