Одними из первых авторов, чьи произведения попали в музей, были: А. Исупов, Л. Крамаренко, Н. Ульянов, Р. Фальк, М. Волошин, Р. Мазель, А. Волков, М. Курзин, Н. Карахан, У. Тансыкбаев, В. Уфимцев и другие.

Всего за несколько лет Савицкому удалось собрать в музее одну из наиболее полных коллекций изобразительного искусства русского и туркестанского авангарда, одну из наиболее значимых коллекций декоративно-прикладного искусства Каракалпакии и уникальную коллекцию археологических экспонатов Древнего Хорезма.

В 1984 году И. В. Савицкий умер, и директором музея стала Мариника Маратовна Бабаназарова — дочь каракалпакского ученого М. Нурмухамедова, друга И. В. Савицкого.

В сентябре 2003 года музей переехал в новое трехэтажное здание, оборудованное международными организациями в соответствии с современными требованиями хранения и экспонирования музейных предметов.

В декабре 2010 года в Государственном музее Востока прошла презентация документального фильма «Жемчужина Узбекистана», посвященного И. А. Савицкому и Государственному музею искусств, названному в его честь.

Коллекция музея

Современная коллекция музея содержит более 90 000 различных экспонатов. Среди них произведения русского авангарда, картины узбекистанских художников, а также предметы народно-прикладного искусства Каракалпакстана и искусства Древнего Хорезма. В коллекции есть несколько копий экспонатов Лувра.

Специалистами коллекция Государственного музея республики Каракалпакстан имени И. В. Савицкого признается второй в мире по значимости и объему коллекцией произведений русского авангарда после коллекции Русского музея (Санкт-Петербург), а также одной из самых лучших коллекций в Азиатском регионе.

В коллекции музея хранятся картины таких художников, как:

• Василий Лысенко (1903 — 1970-е?);
• Александр Волков (1886—1957);
• Михаил Курзин (1888—1957);
• Александр Николаев (1887—1957);
• Надежда Боровая (Терентьева) (1909—1987);
• Амшей Нюренберг (1887—1979).
• Александр Куприн (1880—1960).
• Александр Иванов (1892 – 1989)
• Константинов Федор (1882 - 1964)

В 2010-е годы музей имени И. В. Савицкого стал фигурантом коррупционных скандалов, потрясших многие музейные организации Узбекистана. Поэтому в настоящее время судьба коллекции музея вызывает озабоченность мирового культурного сообщества.