В марте 1939 года работником музея Н. Г. Харламовым открыта Самаркандская стоянка позднего палеолита на берегу искусственного озера в городском парке в черте Самарканда.

В 1945—1955 гг. носил название Республиканский музей культуры узбекского народа, в 1955—1969 гг. — Республиканский музей истории культуры и искусства Узбекистана.

В 1969 году создан Государственный музей истории культуры и искусства Узбекской ССР им. А. Икрамова, один из крупнейших музеев республики.

В 1982 году на его базе создается Самаркандский государственный объединённый историко-архитектурный и художественный музей-заповедник.

Здание музея

С 1978 по 2010 годы музей истории культуры Узбекистана в Самарканде располагался в специально построенном здании, справа от площади и ансамбля Регистан, на улице Ташкентская. Ныне не территории снесённого старого здания музея находится сквер «Йулбарслар хиёбони» (Сквер тигров). В 2010 году музей был перемещен в здание на улице Мирзо Улугбека. Несколько лет новое здание музея находилось на ремонте и 1 сентября 2014 года состоялось открытие в торжественной обстановке отремонтированного нового здания музея.

Фонды музея

В фонд музея входят десятки тысяч экспонатов, большая часть которых считаются уникальными в своём роде. Музей разделён на несколько тематических отделов, таких как история, искусство, фонды археологии, этнографии, изобразительного искусства, нумизматики и бонистики, отдел постоянных и временных выставок.

В музее имеется большая и уникальная коллекция древней и средневековой керамики, металла и стекла. В нумизматическом фонде музея собрано около 30 тысяч монет начиная от древних среднеазиатских государств, заканчивая монетами Ирана, Причерноморья, Древней Греции и Римской империи.

В музее хранятся ювелирные украшения бронзового века и последующих эпох, многочисленные зороастрийские оссуарии и предметы этого культа, древние шахматы, тысячи оригинальных полотен выдающихся узбекистанских и среднеазиатских художников XX века.

В этнографической коллекции представлены примерно 20 тысяч единиц национальной одежды, золотошвейных изделий, ковров и сюзане. В музее также имеется богатая коллекция чеканных ножей, металлической посуды.

Среди уникальных экспонатов музея можно выделить глобус худжандского просветителя XIX века Ходжи Юсуфа Мирфаязова (1842—1924), бронзовый шлем воина-сака VI века до н. э., коллекцию древнейших греко-бактрийских, парфянских и кушанских монет, скульптуры буддийского храма в Куве и копии айртамского фриза с изображениями музыкантов.