Зимой 1980 года было принято решение о создании Управления музеями и Научно-методического отдела по работе музеев при Министерстве культуры СССР. Проводился контроль музейной сети страны.

Позже, был основан Научно-реставрационный центр для проведения реконструкции и реставрации музеев республики. Данные учреждения функционируют и по сей день.

В январе 2014 года было принято решение об утверждения Положения Национального Музея естественной истории Азербайджанской Республики. Согласно Положению, планируется создание Национального Музея при Национальной Академии Наук Азербайджанской Республики.

Отделы

В музее есть два отдела: геологический и зоологический отделы.

В геологическом отделе выставлена информация о геологическом и тектоническом строении Азербайджанской Республики, карты и диаграммы, полезные ископаемые (кобальт, гипс, соли, кварц, пирит, барит, молибден, кальцит), образцы осадочных каменных пород.

В зоологическом отделении представлены многочисленные скелеты скелеты, чучела, тела современных и древних беспозвоночных (губки, кишечнополостные, иглокожие, мягкотелые, членистоногие и т. д.) и позвоночных (земноводные,  пресмыкающиеся, рыбы, птицы, млекопитающие) животных, а также картины, содержащие информацию о флоре Азербайджана. Самый старый экспонат — это зубы ихтиозавра с мелового периода, более 120.

Экспозиция

Научные исследования Естественно-исторического музея развивались в нескольких направлениях, в основном на палеонтологических объектах.

В музее представлены Бинагадинская, Перекешкюльская, Эльдарская гиппарионовая, Мингечевирская и др. коллекции, которые относятся к Четвёртому периоду.

Научные исследования, проводимые в учреждении, охватывают такие сферы, как систематика, морфология, эволюция, экология эндемичных животных. Важное значение имеет проведение сравнительного анализа современных позвоночных животных с ископаемыми.

Основные исследования сосредоточены на изучении Бинагадийских четвертичных и Эльдарских позднесарматских гиппарионовых фаун многочисленных мест первобытных людей, а также Азыхская пещера и другие. В коллекции четвертичной фауны Бинагадинского насчитывается 41 вид млекопитающих, 110 видов птиц, 2 - рептилий, 1 - амфибий, 107 насекомых и 22 вида растений.

Среди них — почти полные окаменелые скелеты лошадей, оленей, джейран и сайгаки, которые больше не живут на территории Азербайджана.

На протяжении 1975-1986 годов проводились археологические, геоморфологические, палеонтологические, хроностратиграфические исследования Азыхской пещеры. Здесь были обнаружены останки млекопитающих таких видов, как насекомоядные, зайцеобразные, рукокрылые, парнокопытные-хищники, грызуны.

Большая часть экспонатов была привезена в музей первым директором учреждения – Рагимбеком Джафаровым.

Эльдарская фауна состоит из 23 представителей различных видов позвоночных животных. Кроме того, в музее также есть два типа гиппарионов (млекопитающие семейства лошадей), Сарматский кит и нижняя челюсть мастодонта.

Более 20 чучел животных, занесённых в Красную книгу, занесены в Золотой Фонд музея.

В данном учреждении до сих пор хранятся рукописи, а также личные вещи Гасан бека Зардаби и членов его семьи. Особый интерес представляет сохранённая часть переписка Зардаби с русским писателем – Львом Толстым.

В музее также представлены верхняя челюсть, зубы и бивни южного слона, которые жили на территории Азербайджана 600 000 лет назад и были обнаружены в Мингячевире в 2001 году. В коллекцию музея эти находки были добавлены в 2008 году.

В 2006-2007 годах азербайджанскими исследователями по инициативе руководства Естественного исторического музея имени Г. Зардаби проводился учёт численности тюленей.