Собственное музейное здание было построено по проекту архитектора Роберто Морено — оно было открыто в 1939 году. В его стиле прослеживается влияние синтетического направления мудехар; дизайн включает в себя массивную кованую люстру диаметром 2,5 метра, имеющую 96 светильников; терраса здания была создана с явным испанским влиянием — террасу можно посетить один раз в год во время события «Una noche en la calle de los museos» (ночь музеев). В 1968 году музей изобразительных искусств переехал в другое здание, а 16 октября 1975 года получил название «Национальный музей современного искусства Гватемалы». В то время он входил в состав института антропологии и истории, при отделе культуры министерства образования страны (сегодня — министерство культуры и спорта).

В 1999 году министерским приказом музей снова был переименовал — он получил имя одним из наиболее известных представителей современного изобразительного искусства Гватемалы, художника Карлоса Мериды. По состоянию на 2019 год, музей Мериды был разделён на три основных отдела: первый отдел был посвящен истории изобразительного искусства страны, второй отдел освещал творческое наследие Мериды, а третий отдел является выставочным залом для временных экспозиций. В рамках временных выставок музей демонстрирует местной аудитории произведения современного искусства, созданного авторами из Центральной и Южной Америки.