В 1910—1920 годах — скрипач в оркестрах драматических театров (в 1919—1920 — в оркестре Петроградского Большого драматического театра). Параллельно, с 1917 по 1920 год — преподаватель класса скрипки в музыкальной школе.

В 1920—1940 годах — преподаватель теории музыки и композиции и заведующий отделением теории композиции в Высшей школе музыки в Тарту, с 1940 и до самой смерти — в Таллинской консерватории (ныне Эстонская академия музыки и театра) (с 1940 — профессор).

В 1940 году — председатель организационного комитета, с 1944 по 1953 год — член правления Союза композиторов Эстонской ССР, последние годы — член правления Музыкального фонда Эстонской ССР.

Умер 16 июня 1970 года в Таллине. Похоронен на Лесном кладбище.

Звания и награды

• Заслуженный деятель искусств Эстонской ССР (1945)
• Народный артист Эстонской ССР (1957)
• Народный артист СССР (1967)
• Две Государственные премии Эстонской ССР (1948, 1965)
• Два ордена Ленина (1965, 1970)
• Знак Почета (1961)
• Орден Трудового Красного Знамени (1956)

Память

• В 1971 году имя композитора получила Высшая школа музыки в Тарту.
• В 1987 году была выпущена почтовая марка СССР, посвященная Хейно Эллеру.
• В 1987 году во дворе Таллинского музыкального училища им. Г. Отса установлен памятник Хейно Эллера.
• В 1991 года проводится Международный конкурс скрипачей имени Хейно Эллера.
• В 1998 году Эстонским музеем театра и музыки учреждена музыкальная премия имени Хейно Эллера, являющаяся одной из высших наград в области музыки в Эстонии.
• В Эстонской академии музыки и театра открыт класс в честь Хейно Эллера, где находятся фортепиано и фотографии, принадлежавшие композитору.
• В 2013 году вышел музыкальный документальный фильм о композиторе «Хейно Эллер. Квинтэссенция».