Новый этап истории музея связан с именем литератора, художника и краеведа Н. Г. Филянского, который в 1931 г. энергично взялся за создание в Запорожье музея истории Днепрогэса. Музей изначально формировался как краеведческий и после образования в 1939 г. Запорожской области получил статус областного. Активная деятельность коллектива музея позволила за короткое время собрать великолепную коллекцию, в которой хранились материалы по истории Запорожья от древнейших времен до строительства Днепрогэса и социалистического города. За время руководства Г. Г. Филянского музей был настоящим центром краеведческой и экологической работы местных исследователей. Осенью 1937 г. органы НКВД обвинили руководство музея в антисоветской контрреволюционно-террористической деятельности и разгромили краеведческое общество. Директора музея Н. Г. Филянского расстреляли, а научные сотрудники Ф. Т. Каминский и Н. С. Мушкет были репрессированы.

Во время Второй мировой войны музейные экспонаты сильно пострадали. Из довоенной коллекции сохранились лишь две пушки XVIII в.

В январе 1944 г., после освобождения края от немцев, музей возобновил деятельность сначала в г. Мелитополе. Там он располагался в одном помещении с местным историко-краеведческим музеем до сентября 1948 г. В июне 1949 г. музей открыл первую послевоенную экспозицию в областном центре в небольшом домике по ул. Горького, 53. Более приспособленное помещение по ул. 40 лет Советской Украины ему было предоставлено в феврале 1950 г., когда в музейной коллекции насчитывалось более 15 тыс. экспонатов.

В 1961 г. музей переехал в двухэтажный дом на центральном проспекте в старой части города. Здесь в 1965 г. было открыто экспозицию из 22 залов природы, досоветской и советской истории края. Одной из лучших и самой большой по площади была экспозиция зала, посвященного истории запорожского казачества. Музей пользовался большой популярностью у гостей и жителей Запорожья. Только в 1977 г. в нём побывало 160 тыс. посетителей.

В связи с тем, что в музее отсутствовали выставочный и лекционный залы, кабинеты для научной работы, помещения для фондохранилищ, гардероба и других необходимых служб, в 1977 г. власть предоставила музею новое помещение. Это было здание бывшей земской управы (построено в 1913 г.) расположенное по адресу ул. Чекистов, 29; один из красивейших архитектурных памятников Запорожья. В 1977 г. здесь было открыто первую краеведческую выставку. Однако понадобилось более 10 лет для проектирования и проведения полной реконструкции здания, с целью приспособления его для нужд музея.

В 1991 году экспозиция музея открылась в здании бывшей земской управы (1915 г.), в которой находится и по сегодня.

В разное время в современном здании музея работали Я. П. Новицкий, Л. И. Брежнев, с балкона Земской управы с речью выступал Нестор Махно.

С 1991 года вместе с Запорожским национальным университетом музей издаёт археологический ежегодник «Древности Степного Причерноморья и Крыма».

С 2001 года музей издаёт ежегодный «Музейный вестник» (лишь единицы украинских музеев издают ежегодники). Первый номер был приурочен к 10-й годовщине независимости Украины и 80-летию краеведческого музея. В 2007 г. «Музейный вестник» внесён ВАК Украины в перечень профессиональных изданий.

Фонды

Собрание Запорожского краеведческого музея насчитывает свыше 110 тыс. единиц хранения.

Основная экспозиция представляет историю края с древнейших времен до настоящего, показывает его природу, жизнь и быт запорожских казаков.

Большую историческую ценность имеют археологические, этнографические, нумизматические коллекции, гербарии, старопечатные книги.

Среди коллекций: палеонтологические остатки животных неогенового и антропогенового периодов; археологические находки из Запорожского кургана; сарматские украшения; коллекции насекомых; чучела редчайших птиц; оружие и предметы быта запорожских казаков.

Здание

Адрес музея — ул. Троицкая, 29 (ранее ул. Чекистов). Здание, в котором с 1991 г. располагается краеведческий музей было построено в 1913—1915 гг. как городская земская управа. Архитектор А.С.Словьянов. Здание является памятником архитектуры национального значения. После земской управы в здании располагались первый городской совет, штаб Южного фронта, обком партии, исполком областного совета.