В 2005 году музей получил официальный статус научно-исследовательской организации, что даёт возможность проводить исторические экспедиции и расширить сферу деятельности организации. С 2006 года музей участвует в международной акции «Ночь музеев».

В 2015 году появилась инициатива по изменению деятельности музея в Культурный центр, что должно включать в себя изменение экспозиции. Предложение было связано с возможным переходом музея из государственной в муниципальную собственность.

Экспозиционные залы

• Первый экспозиционный зал — зал палеонтологии и археологии.
• Второй экспозиционный зал — зал исторической этнографии.
• Третий экспозиционный зал состоит из двух разделов: «История и этнография народа, проживающего в Казахстане» и «Казахстан в годы Великой отечественной войны. 1941—1945».
• Четвёртый экспозиционный зал — зал «Современный Казахстан».
• Пятый экспозиционный зал — «Открытый фонд». Археологическое золото Казахстана.
• Шестой экспозиционный зал — «Музей антропологии»
• Седьмой экспозиционный зал — зал Николая Гавриловича Хлудова.

Здание музея

Здание музея было построено с 1978 по 1985 годы. До этого музей располагался в Свято-Вознесенском соборе.

Оно было возведено по заказу Алма-Атинского горисполкома организацией «Главалмаатастрой». Проектировщиком проекта выступил ГПИ «Казгорстройпроект». Руководителем архитектурного коллектива стал Ю.Г. Ратушный. Автор проекта — З.М. Мустафина в сотрудничестве с Б.А. Рзагалиевым, Б.И. Никишиной, В.И. Слюсаревой и другими.

Прямоугольное в плане трёхэтажное здание покоится на «стилобате», образованном естественным рельефом местности. Объёмно - пространственная характеристика сооружения основана на использовании стилевых приемов казахского зодчества. Каркас здания разработан на рамной системе восьми наружных опор- пилонов. Фасады решены единым ритмическим строем пилястр, объединяющих три этажа. Композиционный центр здания - двусветный вестибюль, поэтажно фланкированный экспозиционными залами. Во внутренней отделке музея использован цветной металл, мрамор, паркет, ракушечник, гранит.

Статус памятника

В январе 1986 года решение Алма-Атинского горисполкома здание Центрального музея было включено в список памятников истории культуры.

10 ноября 2010 года был утверждён новый Государственный список памятников истории и культуры местного значения города Алматы, одновременно с которым все предыдущие решения по этому поводу были признаны утратившими силу. В этом Постановлении был сохранён статус памятника местного значения здания музея. Границы охранных зон были утверждены в 2014 году.