С 1870 года Венгерский Национальный музей имеет отделы зоологии, ботаники и минералогии. Размер коллекций на конец девятнадцатого века превысил 1 млн экземпляров.

Между мировыми войнами

В 1927 году в Будапеште состоялся десятый Всемирный Конгресс зоологии, к этому времени коллекция насекомых в музее составила около 3 миллионов экземпляров. Увеличивающимся коллекциям было уже слишком мало места в музее и их частично разместили в новом Музее естественной истории, основанном в 1933 году.

Большинство ботанических коллекций музея погибло во время Второй Мировой войны.

После Второй мировой войны

Вскоре после войны в музее открылся отдел антропологии, который в настоящее время является одним из десяти крупнейших в Европе.

Отдел специализировался на сборе и изучении материалов венгерской флоры и фауны.

Во время антиправительственных выступлений в Будапеште в 1956 году артиллерийский снаряд попал в главное здание Национального музея. От разрыва снаряда пострадала минералогическая и палеонтологическая коллекция музея. Во время мятежа было сожжено 100 000 томов научных изданий, уничтожено 36,000 чучел птиц, 13,000 рыб, амфибий и рептилий и др.

Несколько лет спустя Жигмонд Сеченьи (Zsigmond Széchenyi) предпринял несколько экспедиций в Африку, чтобы собрать дополнительные материалы для музея для компенсации потерь. В 1960-х и 1970-х годах музейные работники ездили в страны социалистического лагеря — Северную Корею, Вьетнам, Кубу и Монголию для сбора коллекции флоры и фауны этих стран.

В 1979 году отдел ботаники музея переехал в историческое здание, спроектированное венгерским архитектором Одоном Лехнером.

Новейшая история

До начала 1990-х годов в Музее естественной истории, несмотря на постоянный рост его коллекций, не было отдельного выставочного пространства. Венгерское правительство приняло решение перенести музей в здание Академии Людовика: исторический памятник, построенный для Венгерской военной академии.

В настоящее время там уже размещены отделы антропологии, минералогии и петрологии, геологии и палеонтологии. Там же разместились коллекции птиц и млекопитающих, коллекции по зоологии, лаборатории молекулярной генетики.

Зоологическая коллекция музея является пятой по величине в Европе и имеет около 7 миллионов образцов беспозвоночных и позвоночных животных. В вестибюле музея выставлен 20 — метровый скелет финвала (Balaenoptera physalus).

Структура музея

В состав музея входят основные отделы:

• Отдел антропологии;
• Отдел зоологии;
• Отдел ботаники;
• Отдел минералогии и петрологии;
• Отдел геологии и палеонтологии;
• Библиотека.