В 1932 году деятельность госпиталя была перенесена в здание Госпиталя Наварры. В 1952 году под руководством Хосе Йарноса Ларросы начались работы по переустройству здания в музей, в результате которых от постройки времён ренессанса почти ничего не сохранилось.

В 1986 году архитекторы Хорди Гарсес и Энрик Сориа произвели преобразование для модернизации и реорганизации музея. Согласно реорганизации, демонстрируются только самые важные предметы, с тем, чтобы было доступно больше места для их осмотра. Предполагалось с помощью включения актового зала, зала временных выставок и других услуг придать музею более публичный характер. Коллекция была упорядочена в хронологической последовательности, с новым залом для доисторических объектов, расположенным под садом, римскими мозаиками на первом этаже и всем остальным на четырёх этажах.

Музейный фонд

Коллекция музея Наварры образована из фондов, собранных «Комиссией исторических и культурных памятников Наварры», которая была основана в 1844 году с целью сохранения наваррского наследия. В 1910 году фонды были выставлены в здании нынешней Счётной палаты Наварры, где с целью народного просвещения открылся первый музей. С 1940 года работу Комиссии продолжило «Учреждение принца де Виана», созданное с целью защиты, реставрации и исследования художественного и археологического наследия Наварры. С 1956 года коллекция размещается в нынешнем здании Музея Наварры на северо-востоке старого города.

Отличительные экспонаты

• Карта из Абаунтц, барельеф на камне времён Палеолита
• Римская мозаика из Анделоса с фрагментом темы Триумф Бахуса
• Римская мозаика с римской виллы «Рамалете» (Тудела)
• Римские капители из древнего собора в Памплоне
• Шкатулка из Лейре, искусная работа исламского искусства 1004 года
• Готические стенные росписи Хуана Оливера
• Одноцветные стенные росписи, посвящённые битвам императора Карла V с протестантами
• Портрет маркиза Сан Адриана работы Франсиско Гойи