24 марта 1545 года, Вальядолид был перенесен на его современное местоположение и построен на месте столицы майянского племени Купуль, называвшейся Zací, что в переводе с языка майя означает «белый ястреб». Древние каменные строения города были разобраны для новых строений в испанском колониальном стиле. В последующий год майя восстали, но их восстание было подавлено при содействии испанских войск прибывших из Мериды. В дальнейшем Вальядолид продолжал быть центром развития испанского колониализма на востоке полуострова Юкатан.

XIX век

Из-за введенной во времена испанского правления кастовой системы, коренные жители майя не имели прав. Индейские общинные земли захватывались новыми частными собственниками. В январе 1847 года коренные жители майя взбунтовались, в ходе действий восемьдесят испанцев было убито, а их дома разграблены. После того как один из вождей майя, Мануэль Антонио Ай (Manuel Antonio Ay) был схвачен и расстрелян на главной площади города, бунт перешел в массовое восстание под руководством Хасинто Пата (Jacinto Pat), вождя из Тиосуко и Сесилио Чи (Cecilio Chí) из близлежащего города Ичмуль. Город Вальядолид и прилегающие районы были сценой ожесточенных боев во время юкатанской войны рас и испанские войска были вынуждены оставить город в марте 1848 года. В дальнейшем они потеряли более половины своего состава попав в засаду при возвращении в Мериду. Город был занят повстанцами майя, но был в дальнейшем отбит правительственными войсками под руководством губернатора Юкатана Мигеля Барбачано (Miguel Barbachano), в частности из-за того, что индейские ополченцы, которые были простыми крестьянами, отступили из-за начала посевных работ.

XX век

10 мая 1910 года, в пригороде Вальядолида, Дзелькоопе (Dzelkoop), был подписан Вальядолидский (также известный как Дзелькоопский) План, призывающий народ к восстанию против диктатуры в стране. Позднее, 4 июля 1910 года, в Вальядолиде зародилось революционное движение, ставшее предтечей к мексиканской революции на севере страны, которая завершилась падением правительства генерала Порфирио Диаса. Это движение в дальнейшем стало известно под именем «Первая искра революции».