Еще одна венецианская особенность, которая имеет место повторяться достаточно часто в период с октября по конец февраля — наводнения. Когда вода поднимается до уровня 70 см — затапливает площадь Сан-Марко, до 110 см — вода заливает улицы. Объявления о приближающемся наводнении вывешивают на станциях вапоретто. Как правило, прогнозы достаточно точны, и в течение 48 часов наводнение обязательно будет. Если над городом слышен вой сирен, а на Кампанилле Сан-Марко появился красный свет, значит, через 4 часа вода поднимется не менее чем на 110 см. Во время наводнения некоторые маршруты вапоретто бывают отменены, потому что кораблики не могут пройти под мостами. При этом маршруты № 1 и № 82 ходят всегда.

На больших станциях вапоретто можно увидеть карты города, на которых красным обозначены улицы, где в период больших наводнений прокладывают специальные деревянные мостки, а зеленым — улицы, которые не затапливает вовсе.

Во время наводнения по мосткам ходить нужно аккуратно, по возможности не забрызгивая прохожих. Также нужно быть осторожнее с краями мостков — так как набережной не видно, с непривычки можно упасть в канал.