В 1899 году община купила территорию для строительства постоянного здания синагоги у торговца В. Элиашберга на улице Завальной.

Главным архитектором стал Давид Розенхаус, который построил её по типу базилики, с галереей в отдельном этаже, в стиле историцизма, с элементами романтизма. Бима была ограждена перилами, напротив ковчега, женская линия была более открыта, чем в других синагогах, и присутствовало место для хора на втором этаже. Синагога была украшена изнутри и снаружи лепниной и витражами. На потолке имелся купол, окрашенный в цвет небес с облаками. Над фасадом были установлены скульптурные изображения скрижалей завета, а над входом была выложена цитата из библии «כי ביתי בית תפילה יקרא לכל העמים» (Исаия).

Торжественное открытие синагоги состоялось на праздник Рош Ха-Шана в 1903 году. На открытии присутствовал известный историк Семён Дубнов, которому выделили в синагоге почётное кресло. Церемонией руководил хазан Авраам Бернштейн.

Раввин Шломо Залкинд Минор, в прошлом раввин Минска и Москвы, подарил синагоге свою библиотеку.

История синагоги после открытия

Перед первой мировой войной в синагоге молились многие представители торговой и культурной элиты города, такие как писатель Шмуль Лейб Цитрон, предприниматель Йосеф Шабад, братья Бунимовичи и другие. В 1904—1906 годах проповедником в синагоге был Шмарьяху Левин, который потом представлял виленских евреев в Государственной Думе в 1906—1908 годах. В этой синагоге также началась карьера лучшего хазана XX века Моше Косвицкого, который служил в ней в 1920—1924 годах.

В период Холокоста синагога была разграблена, но само здание уцелело, так как использовалось нацистами как склад.

После войны здание использовалось как слесарная мастерская. С течением времени особенно пострадали восточная и западная стены здания, а также крыша. Из-за протечки воды пострадала часть лепнины.

После провозглашения Литвой независимости синагога была отремонтирована в 1994 году. Во главе возрождающейся еврейской общины синагоги стал Симонас Альпаравичус. В 2006 году разгорелся спор за владение синагогой между общиной и приверженцами Хабада о том, кто из раввинов будет руководить синагогой, и кто станет главным раввином Вильнюса и Литвы. Из-за спора синагога временно была закрыта. Община синагоги установила на ней мемориальную таблицу, где отметили, что здание построено в 1903 году миснагдим, продолжателя дела Гаона, и приняла решение обратиться за помощью к раввину Хаиму Бурштейну (уроженец России, из Израиля). После открытия синагога работала все дни в неделю. Из-за снижения численности прихожан время работы синагоги было сокращено.

В 2008—2010 годах были проведены ремонтные работы на крыше, чердаке, заменены окна, обновлена краска и шпаклёвка на стенах, починена канализация и водопровод.

 Адрес: Pylimo g. 39, Вильнюс, Литва