В 1634 году по позволению короля Владислава IV на месте старого деревянного был выстроен новый каменный Свято-Духов храм с главным престолом в честь Сошествия Святого Духа на апостолов и с приделами во имя апостола Иоанна Богослова и святых равноапостольных Константина и Елены.

В 1677 году в монастырском храме по приглашению старшего Свято-Духова монастыря и ректора братского училища Климента Тризны читал проповеди иеромонах Димитрий, впоследствии митрополит Ростовский. В начале XVIII века шведы разорили монастырь и церковь. Большую материальную помощь в его восстановлении оказал в 1708 году Пётр I.

В опустошительных пожарах 1748—1749 годов храм сгорел до основания. Восстановительные работы проводились под руководством архитектора Иоганна Кристофа Глаубица и продлились до 1753 года; работы по интерьеру продолжались позднее.

В 1810 году Церковь Святого Духа стала центром скандала: её настоятель Тимофей (Самбикин) в субботу на светлой седмице в еврейском доме повенчал находящегося при смерти больного чахоткой полковника Зеленина, который через три дня после того умер, с девицей, от которой Зеленин имел уже троих детей. Брак этот признан был недействительным, а архимандрит Tимофей подвергнут был временному лишению права священнослужения, причем о поступке его объявлено было по епархии: «Дело это архимандритом Тимофеем совершено было по простодушию, не ради корысти и не по другой какой-либо предосудительной причине». Запрет был снят с него 7 мая 1812 года уже при новом минском архиепископе Серафиме.

Во время войны 1812 года с французами храм был разорён и осквернен наполеоновскими солдатами. Пожертвованиями виленского купца первой гильдии Александра Слуцкого он был отремонтирован. В 1814 году в подалтарном склепе были обретены мощи святых виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия (тайно хранились в склепе с 1661 года).

После перестройки под руководством полоцкого епархиального архитектора Порто в 1836—1837 годах храм принял внешний вид, сохранившийся в основном до настоящего времени. Были открыты своды, надстроен купол, настелена металлическая крыша. На средства, пожертвованные виленским генерал-губернатором Ф. Я. Мирковичем, были сооружены ворота монастырского корпуса в русском стиле (1845).

В 1850 году архиепископ Виленский и Литовский Иосиф (Семашко) оборудовал в храме пещерную церковь в честь виленских мучеников. Мощи святых Антония, Иоанна и Евстафия были помещены в пещерную церковь в 1852 году. По инициативе виленского генерал-губернатора М. Н. Муравьёва храм и колокольня перестраивались для устранения признаков барокко, понимаемых как влияние католицизма (работы завершились к 1873 году).

В 1904 году в монастыре похоронен архиепископ Ювеналий (Половцев), возглавлявший епархию с 1898 года.

С 1908 года при архиепископе Никандре (Молчанове) был начат капитальный ремонт внутри храма. Пилястры были покрыты искусственным белым мрамором, лепные орнаменты выкрашены белой масляной краской, иконостас обновлён петербургской фирмой Жевержеева, иконы реставрировались художником И. П. Трутневым.

Во время Первой мировой войны в августе 1915 года мощи виленских мучеников были эвакуированы в Москву (обретались сначала в Донском монастыре, затем использовались в атеистической пропаганде). Эвакуированы были также насельники, за исключением двух иеромонахов и одного иеродиакона.

Храм сильно пострадал во время Второй мировой войны и восстанавливался с помощью средств, выделенных Патриархом Московским и всея Руси Алексием (Симанским). Алексий содействовал возвращению в храм мощей виленских мучеников (1946).

При митрополите Виленском и Литовском Хризостоме в 1990-е годы храм был основательно обновлен.

Архитектура

Церковь — единственный в Литве православный храм с отчётливыми чертами виленского барокко. Спокойный симметричный силуэт с двумя небольшими башнями раннего барокко и высоким куполом (высота составляет 49 метров) дополняет отдельно стоящая массивная высокая колокольня.

В плане и общей композиции церковь следует тому типу иезуитских костёлов, первым среди которых в Вильне был костёл Святого Казимира. В основе плана храма лежит характерный для католических костёлов латинский крест. Над скрещением главного и поперечного нефов поднимается высокий купол. Боковые продольные нефы, поделённые на отдельные часовни, создают прямоугольный в плане объём здания.

Благодаря законченным к 1873 году переделкам были разрушены волнистый барочный фронтон между башнями и поддерживающие волюты рядом с ними, купол был поднят на высоком барабане. Колокольня позднего барокко была перестроена в стиле классицизма.

Интерьер храма украшает ценное произведение барочного искусства — деревянный трёхъярусный иконостас, изготовленный по проекту И. К. Глаубица (1753—1756). Храм украшают двенадцать икон И. П. Трутнева.

Монастырь

Свято-Троицкое братство ещё в 1588 году получило от константинопольского патриарха Иеремии II права ставропигии (что означало непосредственное подчинение константинопольскому патриарху, независимость от местной церковной власти и особые привилегии). Эти права перешли к Свято-Духову монастырю. Монастырский общежительный устав был принят в 1614 году. Первым настоятелем стал архимандрит Леонтий Карпович. Его преемником был архиепископ Полоцкий Мелетий Смотрицкий. В 1629—1633 наместником монастыря был Иосиф (Бобрикович), впоследствии епископ Мстиславский и Могилевский. При Свято-Духовом монастыре действовало братское училище — коллегия. Она состояла из пяти классов. В ней преподавались те же предметы, что и в виленской иезуитской академии. Первым ректором братского училища был первый настоятель Свято-Духова монастыря Леонтий Карпович. Здесь преподавал известный Кирилл Лукарис, ставший впоследствии константинопольским патриархом.

Типография при монастыре прекратила деятельность в 1648 году. После пожара 1749 года, когда пострадали здания коллегии, прекратилась и деятельность учебного заведения.

Из стен Свято-Духова монастыря выходили православные епископы Литвы и Белоруссии, выдающиеся церковные деятели. После разделов Речи Посполитой Свято-Духов монастырь и храм перешли в ведение управляющих Минской епархии. В 1797 году Свято-Духов монастырь был возведён во второй класс. Стараниями архимандрита Иоиля Котовича монастырь в 1833 году был возведён в первоклассный с ежегодным финансированием из казны в 4176 рублей. Виленские архипастыри одновременно были и настоятелями монастыря. Первым таким настоятелем был архиепископ, затем митрополит Иосиф (Семашко) (похоронен в Свято-Духовской церкви). При Иосифе (Семашко) в обители жили пятеро монашествующих. При архимандрите Платоне (Городецком) в монастыре поселилось несколько иноков костромских монастырей. В 1840 году насчитывалось пятнадцать человек, сейчас — двенадцать.

В 1960 году по решению местных властей был закрыт Виленский женский Марие-Магдалининский монастырь, а его постройки конфискованы. Игумения и 27 сестёр монастыря были размещены в одном из корпусов Свято-Духова монастыря.

Ныне находящиеся в одной ограде мужской и женский монастыри — единственные действующие на территории Литвы православные монастыри.

 Адрес: Aušros Vartų g.10, Vilnius 01304, Литва
 Телефон(ы): +370 5 212 7765