В XVI веке, когда католицизм в Скандинавии уступил место протестантизму, приход был закрыт, и в городе наступил упадок, который длился до середины XVIII века, когда город стал таможенным пунктом. В период экономического застоя XVI—XVIII веков город получил известность своими вышитыми чулками — это ремесло возникло в нём ещё со времён существования католического прихода.

В 1863 г. был основан курорт-спа на мысу Калеванниеми, благодаря чему город стал центром уикенд-туризма. В 1922 году усадьба Култаранта на о. Луоннонмаа, владельца которой Альфреда Корделина в 1917 г. убили русские матросы во время военного переворота, стала официальной летней резиденцией Президента Финляндии.

С 1950-х гг. начинается экономический расцвет города в связи с основанием вокруг него предприятий тяжёлой промышленности. В 1964 г. в состав города были включены его деревенские пригороды.

С 1 января 2009 г. в состав Наантали включены муниципалитеты Меримаску, Рюмятюля и Велкуа.

Подушный доход в городе — второй по величине в Финляндии и самый высокий в провинции Юго-Западная Финляндия.

Туризм и достопримечательности

Помимо спа-курортов, важной достопримечательностью города, обеспечивающей регулярный приток туристов, является тематический парк «Страна муми-троллей» на о. Кайло, рассчитанный на детей дошкольного и младшего школьного возраста. Рядом с «Муми-парком», на соседнем острове Вяски, также существует парк развлечений, функционирующий летом (до 18 августа). Возможно приобретение комплексного билета, дающего право на посещение обоих парков.

Другими достопримечательностями являются «Отель-спа» в Наантали (крупнейшее спа в Скандинавии) и средневековый собор. Рядом с городом, в Луоннонмаа, находится официальная резиденция президента Финляндии — Култаранта.

Между Турку и Наантали ходит пароход.

Ежегодно в июне в Наантали проходит Международный музыкальный фестиваль классической музыки (в 2014 году — в 35-й раз). Концерты в рамках фестиваля проходят на различных площадках, в том числе в отреставрированной монастырской церкви Наантали, а также в парках, ресторанах и на круизных лайнерах.

В июле ежегодно проходит традиционный карнавал «День сонной головы».