С 1893 по 1918 годы издается сборник научных материалов «Ежегодник Тобольского губернского музея». Сегодня уникальное издание первого музея Сибири, является библиографической редкостью и являет собой собрание ценнейших сведений о Западной Сибири.

С 1891 года музей под свое высочайшее покровительство взял наследник царского престола, будущий император России Николай II.

В 1921 году на базе Губернского музея создан музей Тобольского Севера. В 1925 году принято решение о переводе экспозиций краеведческого музея в бывший Архиерейский дом, который находился на территории Софийского двора Тобольского Кремля.

В 1961 году правительство РСФСР принимает решение о создании на базе Тобольского краеведческого музея и архитектурных памятников города Тобольского государственного историко-архитектурного музея-заповедника — ТГИАМЗ.

Указом Президента РФ в 1995 году Тобольский историко-архитектурный музей-заповедник был включен в «Перечень объектов исторического и культурного наследия Федерального (общероссийского) значения».

Новая история Тобольского музея-заповедника ведет свой отсчет с 2007 года, когда начинается новый этап развития, обусловленный кардинальным изменением концептуального решения экспозиционного показа, ориентированного на максимальное использование ресурсов. В соответствии с поручением президента Российской Федерации Владимира Путина о создании туристического центра на базе историко-архитектурного наследия Тобольска и при финансовой поддержке Правительства Тюменской области была проведена большая работа по музеефикации и созданию условий для туриндустрии.

В январе 2009 г. состоялось открытие главного объекта музейного показа — Дворца Наместника.

В мемориальном здании разместилась экспозиция, посвященная истории управления Сибирью от прихода Ермака до 1917 г. В последующие годы открывается обновленный Губернский музей, который по праву считается первым музеем Сибири, Музей сибирской каторги и ссылки — архитектурный комплекс «Тюремный замок», хранилище редких книг и уникальных и изданий — Научная библиотека, экспозиционно-выставочный зал в Губернской судебной управе, открытое фондохранилище в здании Рентереи.

В 2015 году открывается Музей Сибирского предпринимательства в Гостином дворе и Дворцовая пряничная во Дворце Наместника. В начале 2016 года начали работу экспозиционно-выставочный центр «Дом мастеров» и семейный музейный центр «Камелек».

В 2017 году прошло слияние трех государственных автономных учреждений культуры музейного типа Тюменской области: «Музейного комплекса имени И. Я. Словцова», «Тобольского историко-архитектурного музея-заповедника», «Ялуторовского музейного комплекса» в единое государственное автономное учреждение культуры «Тюменское музейно-просветительское объединение».

29 апреля 2018 года в Тобольске для жителей и гостей города распахнул свои двери первый в России государственный Музей семьи Императора Николая II. Новый объект музейного показа расположен в мемориальном здании бывшего Губернаторского дома, который исторически связан с пребыванием в ссылке Императорской семьи Николая II с августа 1917 г. по апрель 1918 г..

Сегодня в составе Тобольского историко-архитектурного музея-заповедника — 55 объектов, в фондах хранится порядка 450 тыс. музейных предметов. Наиболее ценными являются коллекции этнографии, археологии, палеонтологии, рукописных и старопечатных книг, изделий прикладного искусства (в числе которых художественная резьба по кости), фотоколлекция, предметы, принадлежавшие Императорской Семье Романовых.

В структуру музея входят 11 музейных комплексов, в перспективе — открытие ряда новых объектов. Сотрудниками разработаны обзорные и тематические экскурсии по объектам и историческим памятникам города и его окрестностей. В музее регулярно проводятся научные семинары и конференции, посвященные истории, архитектуре и музееведению. Налажена издательская деятельность. В 2011 г. вышел в свет первый номер музейного журнала «Реликвариум», а с 2012 г., специально для маленьких читателей, издается журнал «ЮНИУМ».

Сегодня Тобольский музей-заповедник — структурное подразделение ГАУК ТО «ТМПО», это культурное пространство для организации содержательного досуга населения города Тобольска и Тюменской области. Это место проведения общественных и событийных мероприятий, культурно-массовых, научно-просветительских, торжественных мероприятий Всероссийского и Международного уровня.

Объекты музейного показа

В состав музея входят:

• Губернский музей, Первый музей Сибири
• Дворец Наместника, Музей истории управления Сибирью
• Губернаторский дом, Музей Семьи Императора Николая II
• Архиерейский дом, Музей истории православия Сибири
• Визит-центр «Гостиный двор», Музей сибирского предпринимательства, Резиденция Сибирского Воеводы, Крапивная мастерская, Гостиница «Опочивальни»
• Дом мастеров, Музей сибирских промыслов и ремёсел, Гончарная мастерская
• Рентерея, открытое фондохранилище «Временно доступен»
• Тюремный замок, Музей сибирской каторги и ссылки, Хостел «Узник»
• Научная библиотека, Музей уникальных книг и редких изданий
• Губернская судебная управа, Экспозиция «Единый дух Победы»
• Семейный музейный центр «Камелёк»