В 1892 году по проекту варшавского архитектора Йозефа Пиуса Дзеконского было построено здание для музея. В этом же году в здании была размещена коллекция, собранная Обществом имени Титуса Халубинского. До 1911 года активность Общества имени Титуса Халубинского значительно сократилась и музейная коллекция почти не пополнялась. В 1913 году началось строительство нового здания для музея, которое завершилось в 1920 году. В 1922 году состоялось торжественное открытие нового музейного дома на улице Крупувки, 10.

В конце 20-х годов XX столетия в музее сформировались отделы современного искусства, ремесленный отдел и отдел татровского предгорья. В период между двумя мировыми войнами в музее была основана метеорологическая станция. В это же время музей стал издавать научный ежегодник «Rocznik Podhalański».

После Второй мировой войны Татровский музей перешёл в собственность государства и стал заниматься деятельностью по сбору информации и сохранению памятников культуры и природы. В это же время научный коллектив стал заниматься полевыми работами в Подгалье и в музее были открыты художественный и исторический отделы. В 1954 году после создания Татровского национального парка деятельность музея по изучению и сохранению дикой природы значительно сократилась.

В 70-е годы XX столетия в музее был открыт отдел по охране памятников.

Филиалы

В музее действуют четыре филиала в Закопане и филиалы в сёлах Хохолув, Чарна-Гура, Юргув и Лопушна:

• Вилла Колиба в Закопане (Музей закопанского стиля имена Станислава Виткевича) — первое здание закопанского стиля;
• Галерея Владислава Хасиора в Закопане — музей искусства;
• Галерея искусства имени Влодзимежа и Ежи Кульчицких в Закопане;
• Музей Корнелия Макушинского в Закопане;
• Музей Хохолувского восстания в Хохолуве;
• Усадьба Тетмайеров в селе Лопушна;
• Усадьба Коркошув в селе Чарна-гура;
• Дом солтыса и пастушеские шалаши в Юргуве;