В 1990 году Владислав Климчак сложил с себя полномочия директора музея, и на его место был назначен Антоний Пётровский. В ноябре 1991 года директором музея была назначена Барбара Охманская-Йодловская.

В июле 1992 года музей переехал в новое здание на улице Юзефитов № 16, где располагается до настоящего времени. В 1995 году музей издал свой первый каталог под названием «Советские военнопленные 1920 года на фотографиях Яна Зимовского».

12 июня 1996 года здание, в котором располагается музей, было внесено в реестр охраняемых памятников Малопольского воеводства (№ А-1029).

В январе 1999 года Музей истории фотографии перешёл в подчинение города Кракова и был внесён в реестр городских учреждений культуры. 1 марта 1999 года на здании музея была укреплена памятная табличка, информирующая, что в этом здании действовала с 1945 года по 1947 год общественная организация «Prafilmówkа Krakowskа», организовавшая здесь III съезд Кинематографического Братства, в котором участвовали Станислав Шиманский, Ежи Кавалерович, Ежи Пассендорфер и Мечислав Ягода. В декабре 1999 года директором музея был назначен Мацей Байесдорф.

Осенью 2005 года музей издал каталог фотографий «Юзеф Пилсудский на фотографиях Музея истории фотографии».

В 2014 году музей был внесён в Государственный реестр музеев.

В настоящее время

В Музее истории фотографии действуют следующие экспозиции:

• Предыстория фотографии: Камера-обскура и Волшебный фонарь;
• Реконструкция фотографических студий на рубеже XIX и XX веков;
• Историческая фотография: Дагеротипия, Амбротипия, Ферротипия, Паннотипия и Стереофотография;
• История развития фотографических аппаратов с первой модели до нашего времени;
• История польских фотографических обществ «Fotoklub Polski» и «Fotoklub Wileński»;
• История рекламы фотографических ателье;
• Фотографические лаборатории 20-х и 30-х годов XX столетия.