В 9 веке при Каролингах на регион начались набеги викингов, на некоторое время захвативших Брюгге. После распада в 843 году Каролингского королевства регион вошёл в состав Западно-Франкского королевства (Франции), а с 862 года превратился в вассально-зависимое от него графство Фландрия. Первый граф Фландрии Балдуин (Бодуэн) I Железная Рука для защиты от нападений норманнов построил крепость на сегодняшней городской площади. С конца 11 века в Брюгге располагалась резиденция графов Фландрских.

В 1128 году Брюгге получил городское право. В 1134 году шторм прорвал барьер дюн и образовал глубокий рукав (т. н. залив «Звин», Zwin), так что город получил прямой доступ к Северному морю и смог участвовать в широкой международной торговле. Он стал связующим пунктом производителей шерсти из Англии с производителями вина из Франции и фландрскими изготовителями сукна. Сам Брюгге стал одним из крупнейших в Европе центров сукноделия из английской шерсти. В 1200 году он получил право иметь собственный постоянный рынок - ярмарку. Скоро сюда стали приезжать торговцы с Рейна, а когда начал расширяться Ганзейский союз, также и из Любека и Гамбурга. В 1253 году графиня Маргарита Фландрская специальной грамотой гарантировала им более низкие пошлины. Ганза основала в Брюгге, наряду с Лондоном и Бергеном, одну из трёх основных контор в Северном море, причём Брюгге связывал Ганзу с рынками вне её собственной области. Так, сюда регулярно приезжали торговцы из Генуи, Венеции и Флоренции, из южной Германии, Кастилии, Португалии и Шотландии. В Брюгге в особняке ван дер Бёрсе (Van der Beurse; Ter Beurze) около 1406 года возникла первая биржа, само же название «биржа» произошло от этой фамилии.

В 1300 году в борьбе со своим графом Ги Дампьерским фландрские города попросили поддержки у короля Франции Филиппа IV Красивого. Тот ввёл во Фландрию войска и присоединил её к Франции, а в 1302 году ещё и обложил её новыми налогами. Притеснения французов вызвали восстание ремесленников Брюгге, которые утром 18 мая 1302 года перебили всех французов («Брюггская заутреня»). В ответ Филипп Красивый направил во Фландрию рыцарское войско, которое, однако, было разгромлено 11 июля 1302 года ополчением фламандских городов в «Битве золотых шпор» под Кортрейком.

В конце 14 – 15 веке Брюгге принадлежал бургундским герцогам, при которых наступил период культурного и экономического процветания города. К 1500 году Брюгге был самым богатым городом Западной Европы, а его население выросло до 200 тысяч – это в 2 раза больше, чем население Лондона того времени, и почти в 2 раза больше, чем сегодня.

В конце 15 века после брака герцогини Марии Бургундской и наследника императора Священной Римской империи Максимилиана I Брюгге перешёл под власть Габсбургов. Тогда же обмелел залив Звин, что и отрезало городу непосредственный доступ к морю. После этого герцогский двор покинул город. Император Максимилиан I ограничил права города, а ведущая роль во Фландрии перешла к Антверпену, в который переехала и штаб-квартира Ганзейского союза. После того, как в 16 веке морской порт окончательно засыпало песком, начался упадок Брюгге, продолжавшийся до конца 19 века. Упадку цехового сукноделия Брюгге также способствовала успешная конкуренция с ним внецехового ремесла во Фландрии и развитие английской суконной промышленности. На развитии Брюгге крайне негативно сказалась и развернувшаяся во второй половине 16 века война за независимость Нидерландов от Испании Габсбургов, а также раскол Нидерландов. Тогда из оставшегося под властью католической Испании Брюгге были вынуждены эмигрировать протестанты, главным образом из числа ремесленников и торговцев.

В течение 17–18 вв. Брюгге продолжал беднеть, а его население сократилось до 32 тысяч в начале 19 века. Во время Войны за испанское наследство (1701–1714) в 1704 году Брюгге был осаждён голландцами, а в 1708 году был взят французами, но затем освобождён войсками англо-австро-голландской коалиции под командованием Джона Черчилля герцога Мальборо и принца Евгения Савойского после победы над французами при Ауденарде 11 мая 1708 года. После войны по Утрехтскому мирному договору Брюгге вместе с Испанскими Нидерландами отошёл к Австрийским Габсбургам.

В 1794 году Брюгге был взят французами и находился под их оккупацией до 1814 года. В тот период он был главным городом французского департамента Лис (Lys). После окончательного разгрома Наполеона и создания решением Венского конгресса 1815 года объединённого Королевства Нидерланды Брюгге оказался в его составе, а после Бельгийской революции 1830 года вместе со всей Фландрией он стал частью образовавшегося Королевства Бельгия.

В развернувшейся 19 веке в Бельгии индустриализации Брюгге не принимал практически никакого участия. Только с конца 19 века началось экономическое возрождение Брюгге, что было связано с постройкой порта Зебрюгге и строительством в 1907 году между ним и Брюгге канала. Во время Первой мировой войны с августа 1914 по ноябрь 1918 и Второй мировой войны с мая 1940 по сентябрь 1944 года Брюгге находился под германской оккупацией. Сегодня Брюгге извлекает пользу из многовекового застоя, так как средневековый центр города прекрасно сохранился и туризм является важнейшей статьей дохода города.