В 1433 году юноша был произведен в рыцари императором Сигизмундом Люксембургским. В знак уважения к этому человеку Малатеста заменил имя Джисмондо, данное ему при крещении, на Сиджизмондо.

Он получил неплохое военное образование. Был признан своими современниками одним из лучших кондотьеров Италии. Участвовал во многих сражениях своего времени, командовал войсками в кампании против Франческо Сфорца, Османской империи.

Благодаря Сиджизмондо флорентинцам удалось оказать сопротивление вторжению Альфонса V Арагонского. Однако это действие вызвало гнев короля Арагона, который возненавидел Сиджизмондо на всю жизнь и поставил перед своим сыном задачу уничтожить государство Малатесты.

Кроме того, Сиджизмондо писал стихи и покровительствовал искусству. Сохранились его стихи, посвященные третье супруге – Изотте дельи Атти. Малатеста привлек для работы в Римини знаменитых художников, архитекторов и писателей своего времени, в том числе Леона Баттиста Альберти, Маттео дей Пасти, Брунеллески, Пьеро делла Франческа, Агостино ди Дуччо, Роберто Валтурио, Басинио да Парма, Тобиаса дель Борго и др.

История Сиджизмондо закончилась драматическим образом после заключения мирного пакта 1454 года в Лоди между Миланом и Венецией, который положил конец войнам в Италии. Король Арагона заявил, что не будет подписывать документ, в котором фигурирует имя Малатесты.

С этого момента начался закат правления Малатесты. Он порвал с церковью, во главе с папой Пием II, сиенца по рождению (с Сиеной у Малатесты с давних пор была непримиримая вражда). На съезде в Мантуе глава церкви просил правителя Римини уступить некоторые принадлежащие ему замки вечному сопернику герцогу Урбино Федериго да Монтефельтро и предоставить Неаполитанскому королю внушительную сумму денег.

Сиджизмондо восстал против папы и в результате был отлучен от церкви. Всего Сиджизмондо Малатеста отлучали от церкви пять раз, и пять раз папы снимали отлучение.

Последний бой, из которого Малатеста вышел победителем, был в Нидасторе. В нем полководцу удалось одержать победу над папской армией. После этой битвы Малатеста, не желая преследовать церковников, отправился собирать войска для оказания помощи своим анжуйским союзникам в войне, которая велась на юге. Это позволило ему подготовить армию из контингента большей части Романьи.

Однако папская армия во главе с Федериго да Монтефельтро принудила Малатесту к обороне, поскольку из-за предпринятой экспедиции его земли оказались незащищенными. В результате некогда могущественный правитель лишился всех своих владений, кроме Римини. При отступлении в 1463 году, которое перенесло Малатесту из Сенигаллии в Фано (вторую столицу государства Малатесты), он был застигнут врасплох вражеской армией на берегу реки Чезано.

В попытке вернуть себе былое имя, Малатеста в 1464 году возглавил венецианские войска для войны с турками. Война в Морее не принесла ему славы, которую он так искал.

Сиджизмондо умер в возрасте 51 года. Его тело было погребено в задуманной им усыпальнице – незавершенном Храме Малатесты.

Остатки владений Сиджизмондо Пандольфо Малатесты разбросаны по всей территории, находившейся под его влиянием. На страже его государства стояли такие крепости, как Сансеполькро, Римини, Фано, Веруккио Градара Мондаино, Монтефьоре, Монтебелло, Сантарканджело и многие другие.