По Верденскому договору (843 года) Франкфурт стал столицей Восточно-Франкского королевства и поэтому отныне также именовался главной резиденцией восточных королей (Principalis sedes regniorientalis). Частое пребывание в городе королей и императоров, часто проводившиеся здесь заседания рейхстага и церковные соборы, возведение монастыря и многочисленные подарки в пользу местной церкви постоянно стимулировали общественность города. Даже когда у немецких кайзеров не стало постоянной резиденции, Франкфурт-на-Майне оставался удельным имением кайзера и столицей Восточной Франконии.

При салической франконской и саксонской династиях императоров Священной Римской империи город снова оказался в центре внимания. В 1147 году Бернард Клервоский с дворцовой капеллы (ныне церковь Святого Николая) призвал Конрада III Гогенштауфена принять участие во Втором крестовом походе. Однако его малолетний сын, оставшийся здесь в качестве преемника, умер даже раньше своего отца. Поэтому через 5 лет в городе состоялись выборы нового кайзера. А после того, как в 1152 году здесь был провозглашен кайзером Фридрих I, Франкфурт благодаря уже установившейся традиции стал выборным городом для немецких императоров.

При династии Гогенштауфенов город пережил подъем и сильно разросся. В эту эпоху в городе появились рынок, новая городская стена, мост через Майн, монетный двор и ярмарка. Около 1180 года территория города сильно расширилась; его новую границу образовывала стена Гогенштауфенов (Staufenmauer), окружавшая территорию современного старого города.

В 1245 году Франкфурт-на-Майне стал имперским городом, а в 1250 году бургграфство Франкфурт было преобразовано в имперское наместничество.

Власть в городе сначала находилась в руках королевских чиновников, управляющего и старосты. Однако вскоре горожане избрали бургомистра с помощниками, в компетенцию которых входили управление полицией и юрисдикция низшей судебной инстанции. Поскольку они пользовались благоволением кайзера, должность управляющего в период междувластия (в 1257 году) была полностью упразднена.

При императоре Людовике Баварском город стоял на его стороне в его конфликте с папой Иоанном XXII несмотря на анафему и интердикт (запрет на богослужение) и оказывал ему финансовую поддержку. Это послужило основой для нового грандиозного подъема Франкфурта как торгово-ярмарочного города.