В 1987 году был построен терминал, который используется до сих пор. В то же время Lufthansa начала предлагать регулярные рейсы во Франкфурт-на-Майне, а затем в Кельн/Бонн, Мюнхен, Копенгаген, Калининград и Ригу.

В 1995 году аэропорт снова стал гражданским, а в 1997 году был построен новый диспетчерский пункт, которым управлял гражданский персонал. Однако его продолжили использовать в военных целях.

В 2000 году был построен новый ангар. В этом же году были проанализированы перспективы развития аэропорта. На основе этого анализа планы, утвержденные властями федеральной земли Шлезвиг-Гольштейн в марте 2002 года, предусматривали расширение взлетно-посадочной полосы с 1300 м до 2100 м. Это позволило бы реактивным самолетам приземляться в Киле. В этом случае федеральная трасса B 503 пересекала бы расширенную взлетно-посадочную полосу в туннеле.

Однако в последующие годы аэропорт использовали все реже, поскольку все больше и больше регулярных рейсов прекращалось. Когда 23 декабря 2005 года последний маршрут был прекращен, работа аэропорта была приостановлена ​​до 3 апреля 2006 года, а 24 января 2006 года министр торговли федеральной земли объявил, что планы продления деятельности аэропорта отменены навсегда.

Компания Cirrus Airlines выполняла регулярные рейсы в Мюнхен со 2 мая 2006 года на одном самолете DHC-8-100, который базировался в аэропорту Киля. Федеральная земля Шлезвиг-Гольштейн предоставила субсидии на три года. Однако, поскольку количество пассажиров было значительно меньше, чем ожидалось, субсидии были прекращены в октябре 2006 года.

Референдум 2018 года

В 2017 году Альянс «Мы создаем город» (нем. Wir machen Stadt) инициировал референдум о продолжении функционировании аэропорта и собрал необходимое количество подписей. Заседание совета Киля решило провести референдум параллельно с выборами в местные органы власти Шлезвиг-Гольштейна 6 мая 2018 года. Вопрос был поставлен следующим образом: «Поддерживаете ли вы закрытие аэродрома Холтенау, а вместо этого создание на его территории нового многофункционального района с как можно большим количеством коммунального и некоммерческого жилья?». Референдум завершился 29,7% голосов за и 70,3% против.

Авиакомпании и направления рейсов

В настоящее время аэропорт Киля не обслуживает регулярные рейсы.

Гражданское использование

Немецкая ассоциация авиационного спорта Киля (нем. Luftsportverein Kiel e.V.), чартерная авиакомпания FLM Aviation и служба полетов на вертолете базируются в аэропорту Киля. Кроме того, ежегодно проводятся международные дни авиации (нем. Internationale Flugtage), на которых демонстрируются воздушная акробатика, прыжками с парашютом и исторические самолеты.

Военное использование

С самого начала своего существования аэродром использовался в военных целях. Во время Второй мировой войны Люфтваффе использовала самолеты для поддержки Кригсмарине, включая 2-ю, 3-ю и 5-ю эскадрильи 196-й летной группы, которые предоставляли самолеты для боевых надводных сил Кригсмарине. С 1958 года являлся базой для авиационных подразделений бундесмарине. В настоящее время авиакрыло № 5, которое известно поисково-спасательными операциями, выполняемыми из аэропорта на вертолетах Sea King, базируется в Киле. В перспективе эти вертолеты планируется заменить на MH 90. Новые вертолеты будут базироваться в авиакрыле №3 в Нордхольце,что послужит основанием для роспуска военной авиабазы в Киле.

Кроме того, самолеты люфтваффе, действующие в качестве ложных целей для боевой практики, вылетают из аэропорта Киля.

Происшествия и несчастные случаи

• 15 февраля 2006 года частный самолет из России вынужден был совершить аварийную посадку в Киле из-за задымленности в самолете. Самолет пролетел над взлетно-посадочной полосой и скатился со склона, поскольку пилот не был знаком с аэропортом и неправильно понял длину взлетно-посадочной полосы, указанную по радио.