В декабре 2008 года председатель Футбольной лиги Англии, Брайан Мовинни спровоцировал конфликт, когда заявил, что музей должен быть перемещён из Престона на стадион Уэмбли, чтобы привлечь больше посетителей. Основатель Кевин Мур ответил, что многие бы обрадовались этой инициативе, но заявил, что политика попечителя направлена на то, чтобы иметь свою штаб-квартиру в Престоне.

Несмотря на хорошие отзывы критиков и привлечение 100000 посетителей в год, неоднократно возникал вопрос финансирования. В 2007 году он имел доход в размере почти 800 тысяч фунтов и убыток 1,2 миллиона. Попечители были обеспокоены дальнейшим будущим музея. В 2009 году они предложили «Манчестер Сити» перенести музей. Городской совет предложил финансовый пакет стоимостью 2 миллиона фунтов стерлингов в год для музея, если он переедет в Манчестер. Несмотря на улучшение предложения до £ 400000 в год от Престона и Ланкашира, совет попечителей проголосовал за перемещение музея в выставочный центр «Урбис» в Манчестер.

Предполагалось, что при условии удовлетворительного финансирования филиал Престона будет оставаться открытым в качестве дополнительного центра. Тем не менее, в музее не смогли договориться о финансовом пакете с Советом графства Ланкашир, и филиал был закрыт для публики в конце апреля 2010 года. Однако, с 2012 года, филиал Престона используется в качестве исследовательского центра и хранилища.

«Урбис» был закрыт в феврале 2010 года в рамках подготовки к предстоящему открытию нового Национального музея футбола в летний период 2011 года.

Музей открылся в Манчестере 6 июля 2012 года. Есть надежда, что новый музей позволит привлечь 350000 посетителей в год. В августе 2012 года было объявлено, что за первые шесть недель с момента открытия музей посетили 100000 человек. К концу апреля 2013 года музей достиг желанной отметки в 350000 посетителей.

Выставки

Многие экспонаты музея отданы в аренду по всей Великобритании, некоторые экспонаты были арендованы выставками в Германии, Португалии, Швейцарии и Бельгии. Музей поддерживает партнёрские отношения с УЕФА, чтобы создать Юбилейную выставку УЕФА, которая открылась в Европейском парламенте в Брюсселе, до переезда в Национальный музей футбола. Музей также работает с УЕФА, чтобы создать первую в мире выставку, посвящённую женскому футболу, в частности чемпионату Европы 2005 среди женщин. Чтобы раскрыть тему чемпионата мира 2006, музей сотрудничал с партнерами по разработке выставки из Гонконга и Германии. Специальная выставка «Спасённые для нации: история Кубка Англии», которая демонстрирует старейший трофей Кубка Англии, используемый для награждения победителей между 1896 и 1910 годами, была запущена в мае 2006 года. Она гастролировала по Ньюкаслу, а с июня 2007 года была в музее «Майлстоун» в графстве Хэмпшир.

В музее есть программы для временных выставок, таких как очередная специальная выставка под названием «Один за всех: все за одного», которая проходила с 3 марта по 3 июня 2007 года. Эта фотовыставка освещала работы Филиппа Колвина. Фил задокументировал опыт инвалида, фаната «Кристал Пэлас», Самуэля Берча, как он путешествовал по стране, чтобы поддержать свою команду. На фотографиях показаны проблемы и препятствия, которые преодолевал Самуэль, чтобы попасть на футбольный матч, и как он это делал. На снимках также показана поддержка, которую он получал от других болельщиков. Фотографии проекта Фила показывают то, что может быть достигнуто путём оказания помощи в трудные минуты, и он надеется, что это будет поощрять других инвалидов становиться активнее и ощущать себя полноправными членами общества.

Выставка является частью музейной программы «Футбол для всех». Программа «Футбол для всех» направлена на признание вклада людей с ограниченными возможностями в футбол в рамках программы выставки и семинаров, она проходила в музее с марта по июнь 2007 года.