На сегодняшний день центром порта является здание Ферри (Ferry), от которого ежедневно выполняются перевозки в пригородные зоны. Самый недорогой способ передвижения через залив — это паромы, а самый комфортабельный и роскошный — это круизные лайнеры. Во время путешествия по водам залива можно увидеть серых и горбатых китов. Туристы при желании могут арендовать рыболовные судна, парусники, байдарки, яхты и прочий водный транспорт в порту Сан-Франциско. На месте неиспользуемых пирсов сегодня расположены офисные здания, магазины, музеи и другие объекты инфраструктуры. В том числе, знаменитый морскими львами и торговыми рядами Пирс 39 также находится в порту. В 2013 году порт Сан-Франциско отметил свое 150-летие.