Помимо внутригородского транспорта в Сан-Франциско функционирует региональная система быстрого перемещения. Это система BART, которая имеет всего 8 остановок по городу и осуществляет перевозку на более длинные расстояния. Например, до международного аэропорта или до отдельных городов в области залива.

BART — это своего рода скоростная электричка или региональное метро, соединяющее Сан-Франциско с восточным побережьем. В плане точности расписания эта система гораздо надежнее, чем MUNI. Как туристы, так и местные жители активно пользуются транспортом системы BART. Ежедневно тысячи жителей пригородов приезжают в даунтаун на работу и обратно на таких электричках.

Стоимость проезда варьируется от пункта назначения, но минимальный тариф — $1,85. Пассажиры с велосипедами также имеют право пользоваться транспортом BART.