Для удобства пассажиров в Сан-Франциско действует универсальная карта оплаты, которая распространяется на все системы передвижения. Это карта называется Clipper Card. Своевременно пополняя её, можно пользоваться транспортом в системах MUNI, BART и Caltrain. Такая карточка может служить и проездным для трамваев, автобусов, троллейбусов, метро в пределах города, и дополнительным проездным на электричках BART, а также проездным на несколько поездок в поезде Caltrain. Clipper Card можно пополнять различными контактными и бесконтактными способами:

• через специальные терминалы,
• через кассовые машины соответствующих транспортных систем,
• в аптеках, розничных магазинах и других точках агентов,
• через интернет,
• напрямую с банковского счета и т. д.