В 1656 году Спиноза был исключен из еврейской общины Амстердама, возможно, не столько из-за его революционных идей, а потому что он подчинился голландскому праву, отказываясь принять наследство отца с большими долгами. После изгнания из общины и отлучения от иудаизма он жил и преподавал в латинской школе философа и поэта Францискуса ван Эндена, который обучил его латыни. Иногда в этом ему помогала и образованная дочь Ван Эндена, с которой они позднее поженились. Можно предположить, что в браке философ разочаровался и в дальнейшем не искал женского общества. Известно, так же, что Спиноза отмечал зависимость женщины от мужчины, словно раба от господина, что было для того времени весьма острым наблюдением. В этот же период он пишет свои первые труды.

Ван Энден оказал на Спинозу очень сильное влияние, но около 1660 года протеже покинул своего учителя. В это время сформировался кружок его немногочисленных, но верных ему до конца жизни друзей, названный впоследствии «амстердамский круг Спинозы». В него входили ученый Адриан Курбах и его брат философ Йоханнес Курбах, физик Лодевейк Мейер, дипломат и бургомистр Амстердама Кунрад ван Бёйнинген, которые нередко поддерживали философа финансово.

В 1660 году философ решает покинуть шумный Амстердам и переезжает в Рейнсбург, небольшую деревню по Лейденом, где обосновалась секта коллегиантов, которой философ симпатизировал. Перед этим он некоторое время провел в загородной резиденции Тюльпенбург (Tulpenburg), затем переехал в деревню Аудеркерк-на-Амстеле (Ouderkerk aan de Amstel), а оттуда уже перебрался в Рейнсбург. Затем ученый переехал в Гаагу, где написал свои самые известные работы «Этика, доказанная в геометрическом порядке и разделенная на пять частей» и неоконченный «Политический трактат».

В 1677 году Спиноза умер в возрасте 44 лет, вероятно, от туберкулеза. Его вклад в дальнейшее развитие не только философской мысли, но и культуры сложно переоценить. Великий немецкий поэт Гёте назвал его одним из наиболее значительно повлиявших не него мыслителей.